Sau năm tháng đàm phán kể từ Hội nghị hòa bình Trung Ðông do Mỹ bảo trợ tổ chức tại Annapolis, bang Maryland (Mỹ), Israel và Palestine vẫn còn bất đồng chung quanh những vấn đề sau đây:
Vấn đề về an ninh: Trước chuyến thăm Israel của Tổng thống G.Bush, Tổng thống M.Abbas đã triển khai hàng trăm lực lượng an ninh của ông tại TP Jenin ở phía bắc khu Bờ Tây và các vùng chung quanh để chứng tỏ rằng chính phủ của ông có thể kiểm soát được khu vực này sau khi triển khai một lực lượng an ninh nhỏ hơn tại TP Nablu hồi cuối năm ngoái. Israel cho rằng, sẽ không có một hiệp định hòa bình nào được thực hiện cho đến khi người Palestine giải giáp các nhóm vũ trang.
Người Palestine nêu rõ những hạn chế mà Israel áp đặt ở các vùng chiếm đóng và các cuộc truy quét các tay súng Palestine của Israel đã cản trở những nỗ lực đạt được một hiệp định hòa bình. Trong khi đó, các tay súng người Hồi giáo thuộc Phong trào Hamas đang kiểm soát dải Gaza từ tháng 6 năm ngoái sau khi loại bỏ lực lượng thuộc Phong trào Fatah của Tổng thống M.Abbas tại đây, phản đối các cuộc đàm phán giữa Israel và Tổng thống Abbas.
Với sự ủng hộ của Mỹ, Ai Cập đang nỗ lực làm môi giới một cuộc ngừng bắn không chính thức giữa các tay súng Hamas ở dải Gaza và Israel.
Vấn đề biên giới: Mỹ coi đường biên giới là vấn đề khó nhất trong những vấn đề về quy chế cuối cùng cho việc thành lập một Nhà nước Palestine độc lập và đã thúc đẩy giải quyết vấn đề này trước tiên. Các quan chức Israel cho biết, đã đạt được tiến bộ "quan trọng" về vấn đề biên giới nhưng người Palestine vẫn tranh luận về vấn đề này.
Theo nhiều quan chức phương Tây, Thủ tướng Israel E.Olmert đã bày tỏ mong muốn trao khoảng 92% khu Bờ Tây cộng với việc đánh đổi khu đất tương đương từ 4 đến 6% các khu định cư Do Thái ở đây và 100% dải Gaza cho Palestine như một phần của thỏa thuận hòa bình cuối cùng. Israel muốn bồi thường về lãnh thổ bằng khu hành lang đất dài 35 km nối khu Bờ Tây với dải Gaza nhưng không nói rõ dải đất này là bao nhiêu m2. Tổng thống Abbas đòi việc trao đổi đất đai nói trên tương đương 100% diện tích khu Bờ Tây và dải Gaza nghĩa là bằng 6.205 km2, diện tích vùng lãnh thổ Palestine mà ông Abbas dự tính Israel đã chiếm đóng trong cuộc chiến tranh Trung Ðông năm 1976. Các quan chức Palestine cho biết, ông Abbas đã đưa ra khả năng sửa đổi đường biên giới trước năm 1967 và có thể chấp nhận việc đổi từ 1,5 đến 2% đất. Việc Israel và người Palestine giải quyết thung lũng Jordan (chiếm khoảng 30% khu Bờ Tây) như thế nào cũng chưa rõ ràng. Các nhà thương lượng Palestine cho biết, họ đã chuẩn bị cho phép quân đội quốc tế đến đây chứ không phải lực lượng Israel.
Vấn đề Jerusalem: Chưa có dấu hiệu nào về việc giải quyết vấn đề Jerusalem.Thủ tướng Olmert cho biết các cuộc đàm phán chưa đả động gì đến vấn đề này mặc dù một số quan chức Israel và người Palestine đã tranh cãi về vấn đề Jerusalem. Ông Olmert lo ngại rằng, khi giải quyết vấn đề Jerusalem có thể làm cho đảng Shas Do thái chính thống, một đối tác liên minh chủ chốt, đòi tiến hành các cuộc bầu cử trước thời hạn. Ông Abbas muốn Ðông Jerusalem là thủ đô của Nhà nước Palestine trong tương lai. Trong khi đó Israel coi toàn bộ Jerusalem là thủ đô của nước này nhưng không được quốc tế công nhận.
Một trong những điểm nổi bật nhất là quản lý Thành cổ như thế nào, nơi có nhà thờ Hồi giáo Al-Aksa, mái vòm đá, Bức tường phía tây và các thánh địa đạo Cơ-đốc. Phó Thủ tướng Israel H.Ramon, một người thân cận của ông Olmert cho biết, các cuộc thương lượng về một thỏa thuận không đi vào chi tiết như Thành cổ sẽ được quản lý như thế nào. Trong một đề nghị nhằm chấm dứt cuộc tranh cãi tháng 12-2000, Tổng thống Mỹ B.Clinton lúc đó yêu cầu chủ quyền của người Palestine là khu vực có nhà thờ Hồi giáo Al-Aksa và Mái vòm đá còn Bức tường phía tây thuộc về chủ quyền của Israel. Ở đó sẽ có một cơ chế giám sát quốc tế.
Vấn đề người tị nạn: Ðến nay chưa có bên nào sẵn sàng thỏa hiệp về vấn đề người tị nạn Palestine. Ông Olmert nói rõ rằng, Israel sẽ không cho phép "quyền trở về" chính thức đối với hàng triệu người Palestine, nhưng cho biết một số người Palestine có thể định cư ở Israel vì lý do nhân đạo.
Israel muốn ông Abbas từ bỏ yêu cầu dùng "quyền trở về" để đổi lấy việc Israel nhượng bộ về vấn đề Jerusalem và biên giới. Ông Abbas nêu rõ, quyền trở về trong các nghị quyết của LHQ và kế hoạch hòa bình của Liên đoàn A-rập (AL) là những hình mẫu có thể giải quyết được vấn đề người tị nạn. Sáng kiến của AL đưa ra năm 2002 kêu gọi Israel đạt được một giải pháp đối với người tị nạn Palestine dựa trên Nghị quyết 194 của LHQ, theo đó yêu cầu sự trở về của người tị nạn Palestine và bồi thường cho những người không trở về.
