Theo đó, Thanh tra Chính phủ nêu rõ, giai đoạn 2015-2019, Viện Hàn lâm thực hiện chưa tốt công tác quản lý tài chính, tài sản, thực hiện các dự án và tổ chức nghiên cứu khoa học, để xảy ra nhiều khuyết điểm, vi phạm.
Trước năm 2017, công tác đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ còn nhiều khuyết điểm, sai phạm; từ năm 2017 đến nay đã cơ bản được khắc phục. Các đơn vị trực thuộc chưa thực hiện đúng, đầy đủ các quy chế, quy định của Nhà nước, công tác quản lý tài sản công, thực hiện các dự án, đặc biệt việc cho thuê trụ sở, nhà, đất vi phạm các quy định của pháp luật trong thời gian dài, không được chấn chỉnh; việc thực hiện và đánh giá, nghiệm thu các đề tài còn mang tính hình thức, chất lượng chưa cao, làm lãng phí ngân sách Nhà nước.
Về quản lý tài sản công, Thanh tra Chính phủ nhấn mạnh, Viện Hàn lâm Khoa học xã hội chậm ban hành quy chế quản lý và sử dụng tài sản công, không phê duyệt quy chế phối hợp, kết hợp sử dụng chung trụ sở làm việc. Dẫn đến, các đơn vị trực thuộc huyện không thực hiện đầy đủ các quy định của Luật Quản lý, sử dụng tài sản công. Văn phòng Viện Hàn lâm không xây dựng phương án sắp xếp, xử lý các cơ sở nhà, đất được giao quản lý, dẫn đến có 5 cơ sở nhà, đất chưa có phương án sắp xếp chính thức, 3 cơ sở nhà đất chưa có phương án sắp xếp, 2 cơ sở chưa được phê việc sắp xếp, 10 cơ sở chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và một số cơ sở nhà đất có tranh chấp, chưa được giải quyết, có 8 cơ sở nhà, đất không sử dụng, sử dụng không hiệu quả trong thời gian dài phải được trả lại Nhà nước.
Thanh tra Chính phủ khẳng định, giai đoạn 2015-2019, Viện Hàn lâm còn nhiều hạn chế, khuyết điểm trong công tác quản lý, sử dụng tài sản công; các đơn vị trực thuộc, như: Bảo tàng, Văn phòng, Viện Khoa học xã hội vùng Trung Bộ, Nhà xuất bản Khoa học xã hội tùy tiện cho thuê trụ sở là nhà, đất, không chấp hành các quy định của Nhà nước về quản lý, sử dụng tài sản công. Trách nhiệm thuộc lãnh đạo Viện Hàn lâm phụ trách lĩnh vực quản lý tài sản và lãnh đạo các đơn vị trực thuộc nêu trên.
Thanh tra Chính phủ cũng nêu rõ một số khuyết điểm, sai phạm của Học viện Khoa học xã hội về đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ, về thực hiện các dự án xây dựng và các dự án tăng cường năng lực… Trong đó, về đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ, Học viện Khoa học xã hội còn có khuyết điểm, như: số nghiên cứu sinh quá hạn thời gian đào tạo còn nhiều, một số hồ sơ xét tuyển trình độ tiến sĩ không cho điểm phần đánh giá hồ sơ, hồ sơ học viên không có lý lịch khoa học của người hướng dẫn, có học viên không có phiếu đăng ký xét tuyển, bản sao các bài báo khoa học đã công bố, có nghiên cứu sinh để đề xuất đề tài nghiên cứu không nằm trong danh mục nghiên cứu. Sổ cấp phát văn bằng còn tẩy xóa, sửa chữa, thiếu thông tin về nghiên cứu sinh…
Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của tập thể lãnh đạo Viện Hàn lâm Khoa học xã hội qua các thời kỳ trong giai đoạn 2015-2019 đối với những hạn chế, khuyết điểm trong công tác quản lý tài chính, tài sản công; công tác nghiên cứu khoa học; thực hiện các dự án đầu tư và tổ chức đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ…
Thanh tra Chính phủ nêu rõ, tập thể lãnh đạo viện Hàn lâm có trách nhiệm trong việc lãnh đạo, chỉ đạo, phê duyệt về công tác quản lý tài chính, tài sản công, thực hiện các dự án đầu tư, nghiên cứu khoa học và tổ chức đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ trong giai đoạn 2015-2019… Kiểm điểm theo từng giai đoạn, thời điểm, làm rõ trách nhiệm và có hình thức xử lý đúng quy định của pháp luật đối với cá nhân, tổ chức thuộc các đơn vị tham mưu. Đó là: Ban Quản lý khoa học, Ban Kế hoạch tài chính, Văn phòng, Ban Tổ chức cán bộ và các đơn vị trực thuộc có hạn chế, khuyết điểm trong giai đoạn 2015-2019. Viện Hàn lâm phải yêu cầu các đơn vị trực thuộc xây dựng ngay quy chế quản lý tài sản công và thực hiện công tác quản lý tài sản công theo đúng quy định của Luật Quản lý sử dụng tài sản công. Chấm dứt việc cho thuê tài sản công không đúng quy định…