Theo số liệu khảo sát của ngành nông nghiệp, hiện nay nước ta đã có 29 khu nông nghiệp và hơn 20 doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng CNC đang hoạt động. Tiêu biểu là các mô hình sản xuất rau an toàn, rau hữu cơ, trồng hoa, cây cảnh trong hệ thống nhà màng, nhà kính tại Bắc Ninh, Lâm Ðồng, TP Hồ Chí Minh; trang trại sản xuất nấm quy mô lớn tại Vĩnh Phúc; vùng trồng chè ứng dụng công nghệ nước ngoài ở Thái Nguyên; vùng sản xuất lúa giống và gạo thương phẩm chất lượng cao ở đồng bằng sông Cửu Long,...
Cùng với sự mở rộng những mô hình này, hàng nghìn tỷ đồng đã được đầu tư cho ứng dụng CNC, hình thành và phát triển các chuỗi liên kết, tạo ra nông sản hàng hóa đạt chất lượng, năng suất, giá trị gia tăng cao, thân thiện môi trường, góp phần bảo đảm an ninh lương thực, thực phẩm quốc gia, cải thiện an sinh xã hội. Những bước phát triển mạnh mẽ trong lĩnh vực nông nghiệp theo hướng mới này sẽ góp phần thúc đẩy phát triển các ngành nghề khác (như công nghiệp chế biến, thực phẩm, công nghiệp sản xuất máy móc và vật tư đầu vào cho nông nghiệp,...), "phấn đấu sớm đưa Việt Nam thành một quốc gia hàng đầu về sản phẩm nông nghiệp". Ðó cũng là ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại hội nghị xây dựng nền công nghiệp nông nghiệp Việt Nam, tổ chức cuối năm 2016.
Tuy nhiên, để sự phát triển bền vững trong nông nghiệp ứng dụng CNC thật sự đạt được kết quả tốt không chỉ tùy thuộc vào nhận thức, năng lực tài chính, công nghệ, chính sách và cơ chế tổ chức, sự phối hợp chặt chẽ giữa năm nhà (gồm: Nhà nước, nhà khoa học, nhà băng, nhà đầu tư và nhà nông), mà còn tùy thuộc vào sự nhận diện, phòng tránh một số ngộ nhận và nghịch lý về ứng dụng CNC vào phát triển nông nghiệp.
Một nghịch lý nổi bật trong thực tế là ở không ít nơi, việc ứng dụng CNC vào nông nghiệp lại chủ yếu sản xuất ra các sản phẩm chất lượng thấp, kém sức cạnh tranh. Ðiển hình như việc một số doanh nghiệp tùy tiện dùng giống biến đổi gien, giống kém chất lượng và lạm dụng chất kích thích, thuốc trừ sâu, thuốc bảo quản sau thu hoạch để làm tăng năng suất, sản lượng và hình thức mẫu mã nông sản, bất chấp hậu quả là để lại tồn dư tạp khuẩn và độc tố trong nông sản, không bảo đảm vệ sinh an toàn cho người tiêu dùng.
Thực trạng này đã kéo theo hệ lụy tiêu cực là nông sản trong nước dù rất dồi dào, phong phú nhưng không tiêu thụ được, trong khi người tiêu dùng thì rơi vào cảnh "đói" nông sản sạch, chất lượng cao! Cho nên, dù là quốc gia nông nghiệp nhưng Việt Nam vẫn phải nhập khẩu một lượng lớn nông sản để chế biến, xuất khẩu và đáp ứng nhu cầu tiêu dùng của người dân. Nghịch lý và sự méo mó về mục tiêu, cách làm trong ứng dụng CNC vào nông nghiệp như đã nêu trên còn là một trong những nguyên nhân làm gia tăng tình trạng ô nhiễm môi trường và bệnh ung thư ở Việt Nam; tăng nguy cơ thu hẹp cánh cửa xuất khẩu nông sản ra thị trường thế giới, khi mà xu hướng các nước ngày càng nâng cấp các hàng rào bảo hộ kỹ thuật của mình với những đòi hỏi khắt khe.
Hơn nữa, việc ngộ nhận và định kiến về nông nghiệp CNC còn khiến một số nguồn gien cây trồng và vật nuôi quý trong nước không được quan tâm đúng mức cho nên dần dần trở nên thiếu hụt và bị mai một, trong khi nền nông nghiệp ngày càng phụ thuộc vào nguồn giống nhập khẩu (và các nguyên liệu đầu vào khác liên quan) với giá cả đắt đỏ và khó kiểm soát chất lượng. Ðiều này làm ảnh hưởng đến chất lượng nông sản thành phẩm, cũng như làm tăng nguy cơ nhập siêu và bất ổn thị trường; thậm chí gây tình trạng thất bát mùa vụ, có khi bị mất trắng do giống giả, chất lượng kém nhưng khó truy cứu được người chịu trách nhiệm cụ thể, hoặc biện pháp xử lý còn thiếu tính răn đe, vì thế khả năng ngăn chặn không khả thi,... như đã từng xảy ra trong thời gian qua.
Mặt khác, việc ứng dụng CNC vào sản xuất nông nghiệp để giảm sự lệ thuộc và rủi ro về thời tiết, tăng năng lực cạnh tranh thị trường cho sản phẩm, nhưng lại có thể làm gia tăng rủi ro đầu tư khi lựa chọn công nghệ và phân kỳ đầu tư, huy động và sử dụng vốn không hợp lý. Ðáng chú ý, việc bê nguyên một số mô hình nông nghiệp CNC từ nước ngoài mà không cân nhắc kỹ các điều kiện thực tế về thổ nhưỡng, khí hậu địa phương, điều kiện tài chính và các kịch bản dự phòng khi có sự cố xảy ra,... sẽ gây tốn kém và không đạt được hiệu quả kinh tế.
Ðây cũng là nguyên nhân làm tăng nợ đọng, nợ xấu và rủi ro tài chính cho cả nhà đầu tư và ngân hàng, nhất là khi thiếu các chính sách và công cụ bảo hiểm nông nghiệp cần thiết. Hơn nữa, việc áp dụng máy móc kiểu phong trào và việc lạm dụng mô hình sản xuất nông nghiệp CNC như sử dụng công nghệ thủy canh và canh tác không dùng đất trên những thửa đất nông nghiệp màu mỡ còn gây nên tình trạng là càng mở rộng phát triển nông nghiệp CNC càng làm hao hụt quỹ đất nông nghiệp không thể phục hồi và gia tăng thất nghiệp, áp lực an sinh xã hội cho nông dân địa phương.
Một nghịch lý khác cũng đang tồn tại, đe dọa không nhỏ đến sự phát triển của loại hình sản xuất này, đó là nhiều nguồn tín dụng hỗ trợ phát triển nông nghiệp CNC đã sẵn sàng nhưng lại không dễ giải ngân, trong khi doanh nghiệp và hộ nông dân luôn khát vốn đầu tư, vì đặc điểm của đầu tư phát triển nông nghiệp CNC cần vốn lớn, thời gian hoàn vốn khá dài. Ðây là hệ quả của sự bất cập, thiếu đồng bộ trong chính sách tín dụng, không tách bạch và thiếu phối hợp giữa tín dụng chính sách với tín dụng thương mại; do người vay có năng lực và uy tín thấp về tài chính, về lập, quản lý kế hoạch và vốn đầu tư. Ứng dụng CNC vào nông nghiệp không phải là sự đánh đồng với việc "trình diễn" kỹ thuật tốn kém, vì mục đích tự thân. Chính sách ưu đãi phát triển nông nghiệp CNC không được tạo đặc quyền và vì lợi ích của một số doanh nghiệp, cá nhân nhà đầu tư nào, mà cần được thiết kế theo hướng phát huy lợi thế địa phương, hài hòa lợi ích, bảo đảm dễ tiếp cận cho mọi doanh nghiệp, hộ gia đình và mô hình nông nghiệp ở mọi vùng miền, mọi quy mô.
Những nghịch lý trong ứng dụng CNC vào nông nghiệp sẽ chỉ được nhận diện và khắc phục cùng với sự thống nhất nhận thức đúng đắn về nội dung, mục tiêu, sự hoàn thiện dần các cơ chế, chính sách, lộ trình thực hiện phát triển nông nghiệp CNC của tất cả các cấp, ngành, địa phương, đơn vị và cá nhân liên quan. Cần nghiêm cấm và xử lý kiên quyết các hành vi lợi dụng đầu tư CNC vào nông nghiệp làm tổn hại lợi ích quốc gia, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân khác, gây hậu quả xấu đến sức khỏe, tính mạng con người; hủy hoại môi trường, tài nguyên thiên nhiên, cũng như giả mạo, gian dối để được hưởng chính sách ưu đãi của Nhà nước trong hoạt động CNC. Các cơ quan chức năng cần tiếp tục củng cố và thống nhất nhận thức, nhận diện kịp thời và đầy đủ các bất cập cả trong mục tiêu, trong nội dung giải pháp phát triển nông nghiệp CNC.
Áp dụng CNC vào nông nghiệp là để sản xuất ra các sản phẩm sạch, an toàn cho người tiêu dùng trong nước và đáp ứng yêu cầu xuất khẩu. Vì vậy, cần lựa chọn đúng các sản phẩm, khâu đột phá trong quy trình và CNC để áp dụng thích hợp với từng địa phương; tránh tình trạng "bóc ngắn, cắn dài", mải chạy theo những CNC đắt đỏ, gây nợ nần và rủi ro cao, nhưng không thiết thực, không đạt hiệu quả phát triển bền vững về kinh tế - xã hội - môi trường. Hơn nữa, cần lập và liên tục cập nhật "danh sách đỏ" những hóa chất, thuốc phòng trừ sâu bệnh, kích thích sinh trưởng bị nghiêm cấm nhập khẩu và sử dụng trong nông nghiệp. Ðáng chú ý, cùng với việc mở rộng nhập khẩu, lai tạo giống mới, cần chủ động lập danh sách bảo tồn, phát triển các gien giống quý trong nước, để bảo đảm an ninh, an toàn và chủ động nguồn giống chất lượng cao cho nông nghiệp.
Phát triển nông nghiệp CNC là xu hướng tất yếu, nhưng không được phép nóng vội, cần hơn sự đồng bộ và chú ý đầy đủ tới tính hai mặt của các chính sách (thuế, tín dụng, xúc tiến thương mại, đầu tư, các dịch vụ hỗ trợ chuyển giao, quản lý CNC trong nông nghiệp, cũng như xây dựng và duy trì hàng rào kỹ thuật...), để bám sát và phục vụ mục tiêu nâng cao chất lượng, xây dựng thương hiệu cho nông sản, bảo vệ nông nghiệp trong nước, đa dạng hóa thị trường, khép kín các chuỗi liên kết kinh tế.
