Trước năm 2000, giống cá tra, ba sa chủ yếu được khai thác từ sông Tiền, sông Hậu, nhưng sản lượng khai thác cá giống giảm dần. Do nhu cầu lượng cá giống tăng nhanh, các tỉnh ÐBSCL bắt đầu ứng dụng các đề tài nghiên cứu về sản xuất nhân tạo giống cá này. Năm 2000, các tỉnh sản xuất khoảng một tỷ con cá tra, ba sa bột, năm 2006, đạt hơn năm tỷ con. Dự báo năm 2007, lượng cá tra, ba sa giống phục vụ nhu cầu nuôi đang phát triển quá mạnh khoảng 10 tỷ con. Theo đồng chí Phạm Văn Khánh và Nguyễn Văn Sáng (Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản 2), do nhu cầu rất lớn về cá tra, ba sa giống, cho nên các cơ sở sản xuất chỉ tập trung sản lượng cá bột, chưa quan tâm chất lượng cá giống. Mặc dù sản xuất giống cá tra và ba sa đã được xã hội hóa, nhưng phát triển còn mang tính tự phát, vẫn xảy ra tình trạng một số cơ sở cho cá bố mẹ đẻ ép hoặc đẻ nhiều lần, cho nên chất lượng cá giống kém.
Thực tế trong phát triển nuôi cá tra, ba sa ở ÐBSCL những năm qua cho thấy, dịch bệnh đối với đối tượng nuôi này tăng nhanh. Nguyên nhân là do hệ thống thủy lợi phục vụ nuôi cá chưa bảo đảm. Theo thạc sĩ Trần Minh Lâm (Viện Kinh tế - Quy hoạch thủy sản), nuôi cá tra, ba sa cần rất nhiều nước và phải thường xuyên thay đổi nước trong ao nuôi do khả năng lây nhiễm dịch bệnh đối với cá nuôi là rất lớn. Ngoài ra, các yếu tố như nuôi cá với mật độ quá cao, lượng thức ăn cho cá quá nhiều cũng làm ô nhiễm nguồn nước. Tại vùng này, do nguồn nước phục vụ nuôi cá chủ yếu dựa vào các công trình thủy lợi phục vụ sản xuất nông nghiệp, cho nên các cống thường được thiết kế cao trình đáy cống cao hơn đáy kênh. Vì vậy, việc thoát nước ra sông lớn bị hạn chế, dẫn đến chất ô nhiễm đọng lại đáy kênh, làm tăng ô nhiễm vùng nuôi cá tra, ba sa.
Từ những hạn chế về chất lượng cá giống, hệ thống thủy lợi cho vùng nuôi chưa bảo đảm dẫn đến tình trạng cá tra, ba sa bị chết ngày càng tăng. Theo kết quả điều tra của Tiến sĩ Lý Thị Thanh Loan (Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản 2) cho thấy: Trong hai năm (2005-2006), tại các khu vực nuôi cá tra, ba sa tập trung như Châu Ðốc (An Giang), Hồng Ngự (Ðồng Tháp), Thốt Nốt (Cần Thơ), thị xã Vĩnh Long và huyện Long Hồ (Vĩnh Long), cá nuôi ao, bè thường nhiễm bệnh vào các tháng 5, 7. Thời điểm này, môi trường nước trong ao nuôi rất xấu do ảnh hưởng của lũ đổ về mang nhiều chất thải lẫn mầm bệnh. Cá thường bị nhiễm các bệnh vàng thân, vàng da, bệnh gan, thận mũ, xuất huyết, đốm đỏ. Kết quả điều tra tại ao nuôi của 65 hộ nuôi cá tra, ba sa có 100% số ao tại Ðồng Tháp, Vĩnh Long, Cần Thơ, 80% số ao ở An Giang bị nhiễm bệnh.
Bất chấp những rủi ro lớn có thể xảy ra, nghề nuôi cá tra, ba sa ở ÐBSCL vẫn phát triển mạnh mẽ. Từ đầu năm đến nay, nông dân ÐBSCL đổ xô vào nuôi đối tượng này. Chưa khi nào "cơn sốt" về con giống, đất nuôi cá tra, ba sa như những tháng đầu năm nay do giá cá đạt mức cao nhất trong vòng 30 năm qua (giá cá tra, ba sa vào thời điểm tháng 3 đạt
17 nghìn đồng/kg). Lý giải về điều này, Bộ Thủy sản cho rằng, đây là thời điểm các nhà máy chế biến thủy sản xuất khẩu khan hiếm nguyên liệu vì chưa vào vụ thu hoạch tôm. Chính vì vậy, các doanh nghiệp đổ xô mua cá tra, ba sa để bảo đảm hoạt động, nhiều địa phương không thể kiểm soát được tình trạng nông dân tự phát nuôi cá tra, ba sa.
Vấn đề quy hoạch đối với nuôi trồng thủy sản tại ÐBSCL, nhất là quy hoạch đối với nuôi cá tra, ba sa còn nhiều bất ổn. Ðến nay, quy hoạch tổng thể về phát triển nuôi trồng thủy sản vùng này vẫn chưa được Bộ Thủy sản phê duyệt. Trong khi đó, nhiều tỉnh đã phê duyệt quy hoạch của ngành thủy sản đến năm 2010. Ðiều này dẫn đến quy hoạch của Bộ Thủy sản có thể sẽ không phù hợp quy hoạch của địa phương và ngược lại. Khi xây dựng dự thảo về quy hoạch phát triển thủy sản ÐBSCL đến năm 2015, tầm nhìn 2020, lãnh đạo ngành thủy sản các tỉnh ÐBSCL đã không đồng ý với số liệu quy hoạch về phát triển nuôi cá tra, ba sa. Ðánh giá về việc chậm triển khai quy hoạch tổng thể phát triển nuôi trồng thủy sản vùng ÐBSCL, Phó Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Chu Hồi, Viện trưởng Kinh tế - Quy hoạch thủy sản (Bộ Thủy sản) cho rằng, nguyên nhân chủ yếu là do việc triển khai chưa đồng bộ, lúng túng, chưa có sự phối hợp đồng bộ giữa các cấp, các ngành.
Với những hạn chế, yếu kém trên, việc phát triển nuôi cá tra, ba sa tại các tỉnh ÐBSCL trong thời gian tới rất cần có sự định hướng, giải pháp tháo gỡ kịp thời của Bộ Thủy sản, các cấp, các ngành. Ðã đến lúc người nuôi, chế biến, xuất khẩu cá tra, ba sa cần có sự liên kết chặt chẽ, bảo đảm các bên cùng có lợi và phát triển bền vững.