Công tác chẩn đoán, điều trị những năm gần đây tuy có nhiều tiến bộ, song vẫn còn xa so với yêu cầu. Hầu hết người dân Việt Nam chưa được chẩn đoán và điều trị bằng kỹ thuật cao, tiên tiến của thế giới. Tuy các bệnh viện tuyến Trung ương đã có khoa tiêu hóa, có các thiết bị nội soi song chưa có sự phát triển sâu về chuyên ngành gan mật (Hepatology) và ống tiêu hóa (Gastroenterology). Thực tế cho thấy, tình trạng quá tải bệnh viện nói chung, quá tải về bệnh tiêu hóa nói riêng đang diễn ra phổ biến trong các bệnh viện, nhất là ở tuyến trên. Có khoa một giường phải bố trí ba người bệnh nằm. Do chưa có sự phát triển nội soi can thiệp cho nên việc điều trị vừa phức tạp, kéo dài, gây tốn kém cho người bệnh và hạn chế kết quả. Ðồng thời điều đó cũng hạn chế rất lớn đến sự mở rộng, sự hợp tác với các nước, việc đào tạo, tổ chức hội nghị khoa học quốc tế tại Việt Nam.
Quyết tâm đưa công tác đào tạo, chẩn đoán và điều trị các bệnh lý tiêu hóa lên một bước mới, ngày 1-3-2011, Bộ Y tế đã quyết định thành lập và xây dựng Trung tâm Tiêu hóa - một mô hình mới trong việc khám, chữa các bệnh về đường tiêu hóa tại Bệnh viện E. Trung tâm Tiêu hóa Bệnh viện E là trung tâm tiêu hóa đầu tiên tại Việt Nam được khánh thành và đi vào hoạt động từ ngày 16-10-2013. Trung tâm lần đầu tiên hợp nhất được các chuyên ngành trong lĩnh vực tiêu hóa; là tổ hợp khám, chữa bệnh liên hoàn; kết hợp nội và ngoại; kết hợp nội soi chẩn đoán và nội soi can thiệp... Ðồng thời là nơi đào tạo, nghiên cứu khoa học, chỉ đạo và chuyển giao công nghệ về chuyên ngành tiêu hóa cho các bệnh viện tuyến cơ sở.
Ngoài phòng khám, trung tâm có Khoa Nội tiêu hóa 50 giường bệnh; Khoa Gan mật 50 giường; Khoa Phẫu thuật 40 giường; Khoa Nội soi 10 giường. Trung tâm được trang bị hiện đại có đầy đủ ô-xy, hút trung tâm, hệ thống báo gọi, có những thiết bị hàng đầu về chẩn đoán và điều trị về tiêu hóa hiện nay như hệ thống máy nội soi siêu âm, nội soi ruột non bóng kép, nội soi dải tần hẹp NBI...
