Trong số này, có một vài phiên bản có nguồn gốc phát triển từ châu Á, trong khi các phiên bản khác lại giống như các chủng được tìm thấy ở châu Âu.
Lần đầu tiên được phát triển như một cách phân tích các mẫu di truyền để có được một bản chụp kết hợp của vi khuẩn, công cụ phân tích di truyền đã “gỡ” các mẫu từ khối lượng thông tin di truyền để xác định sự biến đổi gen của virus. Sau đó họ có thể sử dụng các mô hình để phân loại các virus với sự khác biệt nhỏ di truyền bằng cách sử dụng các thẻ được gọi là Dấu hiện phân loại thông tin phụ (ISM).
Áp dụng cùng phương pháp trên để xử lý dữ liệu di truyền của virus có thể nhanh chóng phát hiện và phân loại các biến thể di truyền nhẹ của virus SARS-CoV-2, loại virus corona mới gây bệnh Covid-19. Nhóm các nhà khoa học này đã công bồ trong một báo cáo đăng trên kho lưu trữ mở các nghiên cứu sơ bộ bioRix. Các công cụ phân tích di truyền tạo ra các nhãn này được công khai cho các nhà nghiên cứu dịch bệnh Covid-19 trên trang GitHub.
Giáo sư, Tiến sĩ Gail Rosen, Trường Đại học Kỹ thuật Drexel, người đứng đầu trong việc phát triển công cụ này nói: “Các chủng loại của SARS-CoV-2 mà chúng ta đã thấy trong thử nghiệm từ châu Á và châu Âu khác với loại hiện đang có ở Mỹ. Xác định được các biến thể cho phép chúng ta xem xét sự thay đổi và nó đã di chuyển từ công đồng này sang cộng đồng khác như thế nào. Nó có thể cho thấy các khu vực, nơi mà thực hiện dãn cách xã hội đã thành công như thế nào trong việc cô lập Covid-19”.
Được phát triển bởi Giáo sư, Tiến sĩ Rosen và một nhóm tập trung gồm Nghiên cứu sinh tiến sĩ Zhengqiao Zhao và Tiến sĩ Bahrad A. Sokhansani, một nhà nghiên cứu độc lập và là luật sư sở hữu trí tuệ, công cụ ISM đặc biệt hữu ích bởi vì nó không đòi hỏi phải phân tích giải mã trình tự gen của virus để xác định đột biến của nó. Trong trường hợp của virus SARS-CoV-2, điều này có nghĩa là giảm được phải phân tích từ mã gen cơ sở dài 30 nghìn ký tự thành phân tích theo 17 phiên bản phụ của virus này.
 |
Biểu đồ xếp chồng tham chiếu trình tự phân nhóm ISM một số nước. Ảnh: Đại học Drexel.
“Nó tương đương với việc quét mã vạch thay vì nhập đầy đủ mã số sản phẩm”, Giáo sư Rosen nói. “Và giờ đây, các nhà khoa học có thể đẩy nhanh quá trình phân tích để nghiên cứu phiên bản virus nào đang ảnh hưởng đến sức khỏe người bệnh. Hoặc các quan chức y tế công cộng có thể theo dõi liệu các ca bệnh mới là lây nhiễm tại địa phương hay đến từ nơi khác của Mỹ hay trên thế giới”.
Trong khi những khác biệt có thể không đủ để phân định một chủng virus mới, nhóm của Giáo sư Rosen đề xuất tìm hiểu về các phân nhóm có ý nghĩa di truyền này ở nơi chúng được tìm thấy và chúng phổ biến như thế nào trong những vùng đó.
Giáo sư Rosen cho biết: “Điều này cho chúng tôi nhìn thấy dấu vết của Covid-19 từ mỗi vùng trên thế giới và xem xét chặt chẽ tại các vùng nhỏ hơn xem nó khác biệt thế nào. Các phân tích sơ bộ của chúng tôi sử dụng dữ liệu đã được công khai từ khắp nơi trên thế giới cho thấy sự kết hợp của các phân loại virus được phát hiện ở New York (Mỹ) là tương tự như đã tìm thấy ở Áo, Pháp và Trung Âu, nhưng không giống ở Italy. Và các phân loại virus ở châu Á đã được phát hiện từ sớm trong đại dịch lại không lây lan nhiều, thay vào đó chúng tôi lại thấy một phân loại mới chỉ có ở Mỹ như một trong những phổ biến nhất ở tiểu bang Washington và vùng bờ biển phía tây”.
Ngoài việc giúp các nhà khoa học tìm hiểu cách mà virus thay đổi và phát tán, phương pháp này có thể tiết lộ phần mã di truyền của nó chống lại sự đột biến – một khám phá có thể khai thác để tìm ra phương pháp điều trị chống lại virus.
“Chúng tôi đã thấy hai phần của virus dường như không biến đổi là phần chịu trách nhiệm về việc xâm nhập tế bào và phần đóng gói ARN của nó”, Giáo sư Rosen nói. “Cả hai đều là mục tiêu để tìm hiều phản ứng miễn dịch của cơ thể, xác định phương pháp điều trị kháng virus và thiết kế các vaccine”.
