Hệ thống di tích trên - vẫn còn được ít người biết đến - giữ một vị trí rất quan trọng trong quy hoạch kiến trúc cung đình Huế. Ông Phan Thanh Hải, Trưởng phòng nghiên cứu khoa học Trung tâm Di tích Cố đô Huế, khẳng định dựa vào hệ thống giếng cổ trên, có thể định vị được quy hoạch nguyên bản của các công trình di tích cũng như sự thay đổi của quy hoạch này theo thời gian.
Tại khu vực di tích Cố đô hiện còn 28 giếng cổ được xây dựng công phu, gồm 24 giếng vuông và 4 giếng tròn, trong đó riêng khu vực Hoàng thành-Tử Cấm Thành bên bờ bắc sông Hương có 14 giếng vuông và bốn giếng tròn.
Qua nghiên cứu, so sánh, các nhà khoa học xác định hầu hết các giếng cổ trên được xây dựng vào đầu thời Nguyễn, ít ra là trước thời Tự Đức (1848-1883), có những giếng được xây từ đầu thời Gia Long-Minh Mạng (cuối thế kỷ 18), nằm ở phía Nam nhà Thần Trù thuộc các miếu thờ tổ tiên tại khu vực Hoàng thành-Tử Cấm Thành. Tuy đã tồn tại hơn 200 năm, nước giếng vẫn rất trong.
Các giếng đều được phân bố ở hai bên trục kiến trúc công trình hoặc tại các góc khuất. Riêng khu vực Tiến Triều, phục vụ cho các lễ nghi, tuyệt đối không có giếng nước do quan niệm của người xưa về địa lý phong thủy, tránh mọi sự đụng chạm vào lòng đất tại khu vực "Rốn rồng" để đảm bảo sự yên ổn, vững bền của triều đại.
Khác với một số giếng cổ phát hiện tại khu vực Ba Đình-Thăng Long, lòng giếng cổ ở Huế được xếp kè bằng gạch vồ, viên gạch được kè ngang, hướng phần lưng ra ngoài. Số lượng giếng vuông chiếm đa số, cho thấy thời Nguyễn vừa kế thừa truyền thống dân tộc vừa tiếp thu những nét ưu việt của kỹ thuật đào giếng của người Chăm. Ngoài việc cung cấp nước cho thợ xây dựng cung điện, hoặc cho Hoàng gia trong việc sinh hoạt cúng kỵ, các giếng nước còn được sử dụng trong việc phòng cháy, chữa cháy.
Việc bảo tồn, tôn tạo hệ thống giếng cổ trong cung điện Huế không chỉ có ý nghĩa gìn giữ những giá trị lịch sử, phần hồn của di tích, mà còn tạo nên một địa chỉ hấp dẫn đặc sắc mới cho ngành du lịch Huế. Ông Hải nhận định nếu được giữ gìn, tôn tạo, những giếng cổ này sẽ trở thành điểm thu hút đông đảo du khách.