Tuy nhiên sau khi đưa vào sử dụng, do đoạn đường từ cầu phao lên bãi giữa sông Hồng có độ dốc lớn, nền đất yếu, đã xảy ra hiện tượng sụt lún khiến nhiều xe ô-tô bị chết máy, làm giao thông trên tuyến bị gián đoạn.
Do đã chuẩn bị sẵn sàng các phương án ứng phó nên ngay khi sự cố xảy ra, lực lượng công binh ứng trực đã dùng xe đặc chủng để kéo phương tiện. Trong đêm 24-11, các đơn vị Bộ Tư lệnh Công binh và các Công ty Công trình giao thông (thuộc Sở Giao thông vận tải Hà Nội) đã phối hợp gia cố kỹ thuật phần đường lên bãi giữa sông Hồng, tiếp tục đóng cọc, đổ đá phần đường dẫn bờ bắc sông Hồng, hoàn thành thảm nhựa đường dẫn bờ nam sông Hồng.
Sáng 25-11, sự cố sụt lún cơ bản được khắc phục. Nhưng vẫn có khoảng 60 xe, phần lớn là các xe chở quá tải, động cơ yếu, bị chết máy khi leo dốc. Bốn xe cứu hộ của lực lượng công binh ứng trực tại bờ cầu phía bắc, phía nam và khu vực bãi giữa đã giải tỏa kịp thời.
Lực lượng Thanh tra Giao thông vận tải Hà Nội cho biết: Tính đến 16 giờ chiều 25-11, đã có 2.540 lượt xe qua cầu phao. Như vậy, sau hai ngày đưa cầu phao vào hoạt động, đã có hơn 4.000 lượt phương tiện qua cầu an toàn.
