Theo đó, hình thành Cơ quan Kiểm soát bệnh tật (CDC) Trung ương (với hệ thống phòng xét nghiệm an toàn sinh học cấp 4) và 3 trung tâm kiểm soát bệnh tật khu vực (với hệ thống phòng xét nghiệm an toàn sinh học cấp 3) gắn với các Viện Vệ sinh dịch tễ và Pasteur hiện có.
Các đơn vị này đảm nhận vai trò kết nối, hỗ trợ các trung tâm kiểm soát bệnh tật cấp tỉnh, bảo đảm vai trò kết nối trong nước và quốc tế; đồng thời hỗ trợ các CDC tỉnh bảo đảm đủ năng lực dự báo, giám sát và phát hiện sớm, khống chế kịp thời, có hiệu quả các dịch bệnh và kiểm soát các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sức khỏe cộng đồng.
Mạng lưới y tế dự phòng hiện có 7 viện chuyên ngành tuyến trung ương, gồm hai Viện Vệ sinh dịch tễ (ở vùng Đồng bằng sông Hồng và vùng Tây Nguyên), hai Viện Pasteur (ở vùng Đông Nam Bộ và Bắc Trung Bộ - Duyên hải miền trung); ba Viện Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng (ở vùng Đồng bằng sông Hồng, vùng Bắc Trung Bộ - Duyên hải miền trung, vùng Đông Nam Bộ).
Về y tế công cộng hiện có ba viện chuyên ngành, gồm Viện Sức khỏe nghề nghiệp và Môi trường, Viện Dinh dưỡng, và Viện Y tế công cộng TP Hồ Chí Minh. Viện Y học Biển tại Hải phòng thuộc vùng Đồng bằng sông Hồng
11 viện chuyên ngành về y tế dự phòng và y tế thực hiện các lĩnh vực chuyên môn khác nhau (giám sát dịch bệnh và yếu tố nguy cơ đến sức khỏe, chỉ đạo tuyến, cung ứng dịch vụ y tế, nghiên cứu khoa học và đào tạo). Tuy nhiên, vẫn có sự chồng chéo đối với một số hoạt động chuyên môn về giám sát dịch tễ và giám sát yếu tố nguy cơ của viện chuyên ngành và CDC tỉnh (mỗi tỉnh, thành phố đều đã thành lập CDC tỉnh).
Sáu quan điểm cơ bản xây dựng quy hoạch mạng lưới cơ sở y tế
Theo đánh giá của Bộ Y tế, việc mở cửa, thông thương cùng với việc gia tăng đi lại giữa các quốc gia sẽ làm gia tăng nguy cơ lây lan dịch bệnh, nhất là với vị trí địa lý đặc thù, Việt Nam rất dễ mắc các bệnh truyền nhiễm, bao gồm cả các bệnh lây nhiễm từ động vật sang người xuất phát từ sự tương tác giữa con người, gia súc, động vật hoang dã và môi trường. Nguy cơ mắc các bệnh truyền nhiễm đặc hữu qua biên giới đang ngày càng trở nên thách thức hơn bao giờ hết. Bên cạnh đó, các bệnh dịch nguy hiểm, mới nổi khác hiện đang tiếp tục được ghi nhận tại nhiều quốc gia trên thế giới…
Chính vì vậy, cần có mô hình đơn vị chuyên môn phù hợp vừa rút gọn đầu mối vừa thống nhất trong chỉ đạo, hỗ trợ và tổ chức triển khai công tác phòng, chống dịch bệnh cũng như các vấn đề y tế công cộng.