Có thể nói lịch sử phát triển của đào tạo sau đại học của Trường đại học Kinh tế Quốc dân được thể hiện rõ nét nhất qua sự đổi mới liên tục trong chương trình đào tạo sau đại học. Trong khoảng 15 năm đầu, trường chủ yếu đào tạo phó tiến sĩ, mô phỏng theo mô hình đào tạo của Liên Xô (trước đây) và các nước Ðông Âu.
Cùng với quá trình chuyển đổi của nền kinh tế đất nước, yêu cầu cấp bách đặt ra cho nhà trường là phải đổi mới cơ bản nội dung và chương trình đào tạo phù hợp với yêu cầu phát triển mới và hòa nhập hơn với hệ thống giáo dục sau đại học trên thế giới. Khung chương trình đào tạo sau đại học của trường trong mười năm trở lại đây được cải tiến đáng kể, dựa trên mô hình của hệ thống đào tạo sau đại học tại các nước có trình độ giáo dục tiên tiến. Giáo trình giảng dạy sau đại học được biên soạn bởi những giảng viên của trường được đào tạo tại các nước có nền giáo dục phát triển. Khối lượng kiến thức trong chương trình liên tục được chuẩn hóa và cập nhật, nội dung các môn học vừa bảo đảm tính hệ thống và tổng hợp về lý thuyết, vừa bảo đảm tính thực tiễn trong phân tích và giải thích các vấn đề đặt ra trong phát triển kinh tế - xã hội đất nước.
Trường đại học Kinh tế Quốc dân là một trong số các trường đi đầu trong đổi mới phương pháp đào tạo sau đại học theo hướng tăng cường sự chủ động và sáng tạo của học viên. Ðặc biệt, nhờ sự đầu tư về cơ sở vật chất trong khuôn khổ Dự án Giáo dục đại học, việc sử dụng các phương tiện công nghệ thông tin và truyền thông cho học tập và giảng dạy ngày càng phổ biến, không chỉ cho phép nhà trường đào tạo sau đại học với quy mô lớn mà còn góp phần đẩy nhanh sự đổi mới trong phương pháp đào tạo sau đại học. Công tác quản lý đào tạo sau đại học của trường cũng đã có những cải tiến tích cực.
Ngay từ năm 1980, Khoa đào tạo và bồi dưỡng sau đại học được thành lập với mục tiêu nâng cao chất lượng và hiệu quả của công tác quản lý đào tạo loại hình này. Năm 2006, một trong những mốc quan trọng trong quá trình phát triển đào tạo sau đại học của trường là sự ra đời của Viện Ðào tạo sau đại học, với chức năng chủ yếu là tổ chức, quản lý và phát triển các chương trình đào tạo sau đại học trong nước, gắn kết và hợp tác với các chương trình đào tạo quốc tế về sau đại học của trường, tổ chức, quản lý các chương trình bồi dưỡng sau đại học, tổ chức nghiên cứu, tư vấn, chuyển giao công nghệ, ứng dụng tiến bộ khoa học kinh tế và quản trị kinh doanh. Với quy mô đào tạo ngày càng mở rộng, với đặc thù đào tạo khá đa dạng của hệ sau đại học, nhất là đối với đào tạo nghiên cứu sinh, vai trò của đội ngũ quản lý đào tạo trở nên quan trọng hơn bao giờ hết, nhất là trong việc quản lý và kiểm soát chất lượng chương trình đào tạo.
Những đóng góp của Khoa Sau đại học trước đây và Viện Ðào tạo sau đại học hiện nay được ghi nhận trên nhiều mặt, từ tuyển sinh đến quản lý quá trình và đánh giá kết quả học tập, nghiên cứu của học viên và nghiên cứu sinh. Trong công tác tuyển sinh sau đại học, trường được Bộ Giáo dục và Ðào tạo chọn là cơ sở tổ chức thi tuyển để lựa chọn các học viên cao học và nghiên cứu sinh gửi ra nước ngoài theo Ðề án đào tạo cán bộ khoa học, kỹ thuật tại các cơ sở nước ngoài bằng ngân sách Nhà nước.
Trong hoạt động quản lý đào tạo, nhà trường từng bước xây dựng quy trình quản lý khoa học và sử dụng các công cụ tin học hóa, đem lại nhiều kết quả khả quan như bảo đảm tính thống nhất cao về hình thức văn bản và biểu mẫu quản lý, bảo đảm cập nhật và lưu giữ thông tin cá nhân của học viên và nghiên cứu sinh, bảo đảm tính hiệu lực, hiệu quả và minh bạch của công tác quản lý, thông qua thông tin liên tục được cập nhật và báo cáo tiến độ thường xuyên trên hệ thống quản lý hiện đại và website của Viện Ðào tạo sau đại học.
Các hoạt động đánh giá và hỗ trợ cho quá trình dạy và học luôn được trường chú trọng, nhất là qua các biện pháp thu thập thông tin phản hồi, các buổi tọa đàm về phương pháp giảng dạy... nhằm tạo môi trường thuận lợi và hiệu quả nhất cho học viên. Quy trình bảo vệ luận văn, luận án các cấp được xây dựng đổi mới theo hướng đơn giản hóa các thủ tục hành chính và nâng cao hàm lượng khoa học; đồng thời nhà trường tiếp tục nghiên cứu, tiến hành một số biện pháp nhằm nâng cao hơn nữa chất lượng đánh giá, thẩm định luận văn, luận án. Chất lượng đào tạo sau đại học của trường được nâng cao còn là kết quả của quá trình đẩy mạnh hội nhập và hợp tác quốc tế. Song song với các chương trình đào tạo cao học trong nước, từ đầu thập kỷ 90, trường chú trọng phát triển các hình thức đào tạo thạc sĩ hợp tác quốc tế. Trên cơ sở những dự án ban đầu do Tổ chức SiÐa (Thụy Ðiển) tài trợ, nhà trường xây dựng nhiều chương trình liên kết đào tạo với các trường đại học và viện khoa học có uy tín trên thế giới. Hợp tác quốc tế về đào tạo sau đại học không chỉ nhằm mục đích cung cấp những chương trình đào tạo tiên tiến theo tiêu chuẩn nước ngoài, mà còn góp phần tích cực vào việc đổi mới hệ thống chương trình và phương pháp giảng dạy sau đại học ở trong nước, bồi dưỡng nâng cao trình độ đội ngũ giảng viên, tăng cường năng lực đào tạo, nghiên cứu khoa học.
Thành tựu trong đào tạo sau đại học của trường còn được thể hiện qua các chương trình đào tạo liên kết địa phương và bồi dưỡng sau đại học. Với vị thế là trường đầu ngành trong khối các trường đại học kinh tế, trường xây dựng nhiều chương trình đào tạo đội ngũ cán bộ, giáo viên có trình độ trên đại học cho các trường như: Ðại học Kinh tế Ðà Nẵng, Ðại học Nha Trang, Ðại học Quy Nhơn... và cùng hợp tác xây dựng phát triển đội ngũ các nhà quản lý có trình độ trên đại học cho nhiều tỉnh, thành phố. Bên cạnh đó, trường còn là cơ sở đào tạo có uy tín, cung cấp các chương trình đào tạo ngắn hạn nhằm bồi dưỡng, cập nhật và nâng cao kiến thức ngay tại cơ sở cho hàng nghìn cán bộ công chức của các bộ, ngành trung ương và địa phương, cũng như cán bộ quản lý và các nhà doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế.
Ðể hoàn thành tốt nhiệm vụ của một trường đại học trọng điểm quốc gia, trường đầu ngành trong khối kinh tế, kinh doanh và quản lý; mặt khác hướng tới hội nhập với trình độ của các trường trong khu vực và trên thế giới, Trường đại học Kinh tế Quốc dân "lấy đào tạo sau đại học làm trọng tâm" trong Chiến lược phát triển. Theo đó, trường đề ra một số giải pháp cơ bản nhằm nâng cao chất lượng đào tạo sau đại học.
Thứ nhất, Chiến lược phát triển 15 năm (thời kỳ 2006-2020) và Kế hoạch năm năm (giai đoạn 2006-2010) của trường đã chỉ rõ: ứng dụng sâu rộng và có hiệu quả công nghệ thông tin được xác định vừa là mục tiêu, vừa là động lực thúc đẩy quá trình phát triển nhất là trong quản lý và đào tạo sau đại học.
Thứ hai, tiếp tục phát triển đội ngũ cán bộ khoa học, bảo đảm phần lớn cán bộ giảng dạy có học vị tiến sĩ. Có kế hoạch bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ thường xuyên cho nguồn nhân lực của nhà trường, tạo điều kiện để các cán bộ, giảng viên có cơ hội học tập, cập nhật thông tin chuyên ngành và tham gia tích cực vào hoạt động nghiên cứu khoa học trong và ngoài nước.
Thứ ba, nhà trường tiếp tục cải tiến phương pháp đào tạo, hoàn thiện khung chương trình, nâng cao chất lượng biên soạn các giáo trình môn học, các chuyên đề, bài giảng. Trong năm nay, hoàn thành việc đổi mới chương trình đào tạo sau đại học, bảo đảm phù hợp nhu cầu của xã hội và xu thế phát triển tất yếu của nước ta trong các lĩnh vực kinh tế, kinh doanh và quản lý. Về phương pháp giảng dạy, tiếp tục đổi mới theo hướng ứng dụng ngày càng nhiều công nghệ thông tin và truyền thông trong giảng dạy và nghiên cứu.
Thứ tư, mở rộng quan hệ hợp tác quốc tế là phương hướng quan trọng trong việc nâng cao chất lượng đào tạo sau đại học. Nhà trường luôn chủ động tiếp thu, học hỏi các chương trình đào tạo tiên tiến, tiếp nhận công nghệ đào tạo, công nghệ quản lý hiện đại, khoa học của thế giới, phát triển các dự án do nước ngoài cấp bằng nhưng học tập trong nước, phát triển các hình thức đào tạo liên thông giữa nhà trường với các trường đại học có danh tiếng ở các nước trên thế giới và trong khu vực, thu hút học viên quốc tế đến Việt Nam và gửi cán bộ, giảng viên ra nước ngoài.
Thứ năm, phát triển đào tạo sau đại học của nhà trường sẽ ngày càng được đa dạng hóa về các chương trình, hình thức đào tạo. Các loại hình đào tạo theo nhu cầu, bồi dưỡng sau đại học tại cơ sở, đào tạo sau đại học từ xa... được nhà trường quan tâm mở rộng, nhằm đáp ứng nhu cầu đang ngày càng tăng về nguồn nhân lực trình độ cao thuộc mọi cơ quan, tổ chức, mọi thành phần kinh tế cả trong và ngoài nước.