Đại biểu Nguyễn Thị Thu Hồng (Thừa Thiên-Huế) cho rằng, không thể dự toán thấp để thu vượt chỉ tiêu đề ra. Còn đại biểu Lê Kim Toàn (Bình Định) thổ lộ, nhìn vào con số thu vượt so với chỉ tiêu đề ra khá cao (25,5%) nhiều người mừng, nhưng lại không vui, vì việc lập dự toán là không sát thực tế. Nhất trí với những nhận xét nói trên, đại biểu Nguyễn Kim Khanh (Bình Phước) nhận định, đằng sau con số thu vượt mức đó còn nhiều bất ổn, trong đó thất thu còn nhiều.
Đại biểu Đặng Như Lợi (Cà Mau) đã đưa ra những con số cụ thể để chứng minh việc lập dự toán không sát, như có năm dự toán thấp hơn con số thực hiện của năm trước. Nếu cứ cách lập dự toán thế này thì chẳng cần bàn. Đại biểu Đặng Như Lợi cho rằng, QH đang bàn và quyết định cái ngọn, không nắm được cái gốc, cái thực chất.
Nội dung thứ hai thu hút nhiều đại biểu QH quan tâm thảo luận là hiệu quả của các khoản chi ngân sách nhà nước (NSNN), vì nhiều khoản chi vượt dự toán lớn, một số khoản chi lại không đạt dự toán làm giảm ý nghĩa của dự toán NSNN. Trong số các khoản chi vượt dự toán lớn là chi quản lý hành chính (vượt 33,5%). Nhiều địa phương có số chi quản lý hành chính vượt dự toán rất cao, từ 50% đến 150%.
Quản lý đầu tư xây dựng cơ bản cũng là một nội dung được nhiều đại biểu QH cho ý kiến. Nhìn chung, các ý kiến cho rằng, quản lý đầu tư xây dựng cơ bản chưa chặt chẽ, hiệu quả thấp, quyết toán chưa đúng thực chất. Nhiều công trình đã hoàn thành đưa vào sử dụng trong thời gian dài mà vẫn chưa được quyết toán; nhiều vi phạm nảy sinh sau khi đã phê duyệt quyết toán công trình xây dựng cơ bản. Một số ý kiến cũng nhận xét việc quản lý, sử dụng các khoản vay nước ngoài, trong đó có vốn ODA chưa hiệu quả.
Trên cơ sở đánh giá, nhận xét về việc lập dự toán NSNN và tình hình thực hiện NSNN năm 2004; các ý kiến phát biểu đề nghị kiểm toán Nhà nước phải vào ngay từ đầu chứ không chỉ có hậu kiểm; cần đánh giá hiệu quả của các khoản chi; làm rõ nguyên nhân của việc chi quản lý hành chính vượt cao; đưa vốn ODA vào cân đối ngân sách hằng năm và phải có cơ chế quản lý chặt chẽ hơn.
Đại biểu Tào Hữu Phùng (Hà Tây) đề nghị, đưa đầy đủ các khoản ghi thu, ghi chi, học phí, viện phí... vào cân đối NSNN, đồng thời loại bỏ những khoản ngân sách địa phương cho vay, hỗ trợ sai quy định ra khỏi báo cáo quyết toán NSNN năm 2004; hạch toán đầy đủ và chính xác các khoản thu, chi thực tế phát sinh vào báo cáo này. Ông Phùng cũng đề nghị, cần có biện pháp xử lý việc chi quản lý hành chính vượt dự toán, tình trạng nợ đọng thuế và việc chi sai phải xuất toán.
Theo đại biểu Lê Quốc Dung (Thái Bình) cần bổ sung vào báo cáo có bao nhiêu công trình sử dụng ngân sách năm 2004 mà hiện nay không sử dụng được. Nếu có thì khoanh lại không quyết toán mà để quyết toán sau. Nếu QH quyết toán ngay thì sẽ là hình thức. Đại biểu này cũng đề nghị phân cấp quản lý ngân sách cho địa phương.
Các ý kiến phát biểu cũng đề nghị Chính phủ cần giải trình rõ hơn nhiều vấn đề. Đáp ứng yêu cầu đó, Bộ trưởng Tài chính Nguyễn Sinh Hùng đã lần lượt giải trình về việc lập dự toán ngân sách, về thu nợ đọng thuế, về chi quản lý hành chính, chi cho Bộ Giao thông - Vận tải và về vay nợ để đầu tư.