Cùng với ngôi chùa được liệt vào hàng danh lam cổ tự, Bổ Ðà Sơn Môn còn được biết đến là nơi có số lượng tháp nhiều nhất cả nước. Ðây là nơi chứa đựng tro cốt, xá lị của các bậc tu hành đắc đạo thiền phái Lâm Tế khắp nơi sau khi viên tịch.
"Bốn bề phong cảnh lạ thay
Bồng Lai kia cũng thế này mà thôi".
Nằm trên một diện tích rộng hơn 8.000 m2, thoai thoải theo triền dốc, vườn tháp Bổ Ðà có tổng cộng 97 ngôi, hầu hết cao từ ba đến năm tầng. Riêng những ngôi tháp chứa xá lị của các bậc sư tổ có chiều cao và to rộng hơn hẳn. Theo viện dẫn của vị đại đức trụ trì chùa, các ngôi tháp này chứa đựng tro cốt, xá lị của hơn 1.200 vị sư tăng, sư ni. Trên tháp mộ sư tăng người ta xây một hình khối tượng trưng cho bình nước Cam Lộ đặt trên tòa sen, tháp mộ sư ni chỉ có một hình búp sen. Hai khu tháp được tách bạch bằng một con đường mòn nhỏ. Những ngôi tháp Bổ Ðà hầu hết được xây dựng bằng gạch chỉ, phần đế bằng đá ong, kết dính bằng vôi vữa trộn lẫn mật mía, bột giấy bản, bột đá nên có độ bền rất cao. Hầu hết các tháp đều được đặt tên, trong tháp ngoài tro cốt còn đặt bài vị ghi rõ tên tuổi, thời gian tu hành và viên tịch của các sư tăng, sư ni. Riêng điều này đã cho thấy vườn tháp Bổ Ðà là một kho tư liệu quý đối với các nhà nghiên cứu lịch sử nói chung và Phật giáo nói riêng ở nước ta.
Những giá trị độc đáo về kiến trúc, cũng như những thông điệp đầy tính nhân văn đã làm cho vườn tháp Bổ Ðà trở thành điểm chiêm bái không thể thiếu cho mỗi lần đến thăm chùa.
