Số thuế phải truy thu chỉ trong vòng 8 tháng lên đến 285 tỷ đồng; bình quân một doanh nghiệp, số thuế phát hiện tăng thêm, kể cả số giảm lỗ, đã lên đến gần nửa tỷ đồng. Cũng từ cuộc kiểm tra trên, đã phát hiện ra năm, kiểu trốn lậu thuế ở các doanh nghiệp này. Kiểu trốn thuế đầu tiên là hầu hết doanh nghiệp chấp hành chưa đầy đủ và nghiêm chỉnh Luật Kế toán, và có đến một nửa số doanh nghiệp kê khai không đúng số thuế giá trị gia tăng (GTGT) phải nộp. Các sai phạm chủ yếu theo kiểu này là hàng hóa đã bán, công trình đã hoàn thành, bàn giao và đưa vào sử dụng, nhưng doanh nghiệp không xuất hóa đơn, không kê khai thuế GTGT; doanh nghiệp đã bán hàng, đã lập hóa đơn nhưng không kê khai tính thuế; sản xuất, kinh doanh mặt hàng thuộc diện chịu thuế, nhưng doanh nghiệp không tính thuế GTGT.
Một cách thức gian lận thuế GTGT khác mà nhiều doanh nghiệp sử dụng là kê khai không trung thực trong khấu trừ đầu vào như kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với cả những hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ không dùng cho sản xuất - kinh doanh, mà dùng làm quà biếu, quà tặng, mua đồ sinh hoạt trong gia đình; kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn không hợp pháp; không phân bổ hoặc phân bổ sai thuế GTGT đầu vào cho mặt hàng chịu thuế và không chịu thuế; kê khai thuế GTGT được khấu trừ không đúng với chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu.
Bên cạnh đó, các doanh nghiệp sản xuất kinh doanh còn gian lận thuế GTGT bằng cách "nhập nhèm" thuế suất: kê khai thuế GTGT mặt hàng chịu thuế suất 10% thành mặt hàng chịu thuế suất thấp hơn là 5%, hoặc đưa mặt hàng thuộc diện chịu thuế sang mặt hàng không chịu thuế.
Còn đối với các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xây dựng cơ bản, qua kiểm tra đã thấy có 88/95 doanh nghiệp sai phạm trong việc kê khai thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp. Nhiều doanh nghiệp sau khi kiểm tra phát hiện số thuế mà doanh nghiệp phải nộp cao hơn từ 5 đến 28 lần số thuế mà doanh nghiệp tự kê khai.
Qua kiểm tra, đã có 410/424 doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp tăng thêm so với số thuế mà doanh nghiệp tự kê khai, trong đó có gần 1/3 số doanh nghiệp chênh lệch gấp trên hai lần.
Để giảm nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước, một số doanh nghiệp đã kê khai lỗ hoặc tăng lỗ. Kết quả kiểm tra ở 42 doanh nghiệp kê khai lỗ cho thấy, chỉ có 11 doanh nghiệp bị lỗ, với số lỗ thực tế là 6,46 tỷ đồng, chứ không phải theo kê khai là 20,611 tỷ đồng. Có 197 doanh nghiệp kê khai nộp thừa thuế thu nhập doanh nghiệp 22,51 tỷ đồng, nhưng qua kiểm tra chỉ có 18 doanh nghiệp nộp thừa khoảng 4 tỷ đồng. Số doanh nghiệp còn lại không những không nộp thừa, mà còn phải nộp thêm 40 tỷ đồng. Kiểu trốn lậu thuế tiếp theo là hạch toán chi phí tiêu hao nguyên vật liệu cho sản xuất vượt định mức, xác định giá trị sản phẩm dở dang, cũng như giá trị hàng tồn kho không đúng. Không ít doanh nghiệp lợi dụng tính chi phí lãi vay ngân hàng, hoặc vay ngoài đưa vào chi phí không đúng, làm giảm thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp. Nhiều chủ doanh nghiệp tư nhân vay ngân hàng để tiêu dùng, nhưng lại đưa lãi vay vào chi phí sản xuất.
Chi phí tiền lương công nhân cũng là khoản chi phí mà nhiều doanh nghiệp ngoài quốc doanh lợi dụng, do lương trả cho người lao động không bị khống chế, nên doanh nghiệp tự đẩy chi phí tiền lương trả cho người lao động lên cao hơn rất nhiều so với số thực trả cho người lao động.