Tuy nhiên, công cụ mà FBI đã mua để bẻ khóa chiếc điện thoại iPhone được sử dụng bởi kẻ sát nhân trong vụ khủng bố ở San Bernadino chỉ mở khóa được chiếc iPhone 5c chạy hệ điều hành iOS 9. Bắt đầu từ iPhone 5S trở về sau, Apple đã trang bị cho sản phẩm của mình một con chip thế hệ mới có tính bảo mật cao hơn và khó khăn hơn để có thể mở khóa.
Chính phủ đang xem xét liệu có nên tiết lộ cho hãng Apple vá lỗ hổng mà FBI đã bẻ khóa.
Một tòa án ở California đã yêu cầu Apple giúp FBI mở mã passcode của chiếc điện thoại iPhone 5c. Do lo ngại tính năng tự động xóa được kích hoạt trên điện thoại thì dữ liệu mà FBI đang tìm kiếm sẽ được tự động xóa sau 10 lần đăng nhập thất bại nên Chính phủ đã hi vọng có được sự trợ giúp từ Apple. FBI sau đó cho biết họ đã truy nhập được vào các dữ liệu và đề nghị tòa án hủy bỏ yêu cầu trên với Apple.
FBI đã thông báo cho tòa án biết họ đã có được giải pháp để mở khóa chiếc điện thoại của Apple bởi sự hỗ trợ của một đối tác thứ ba. Tên của tổ chức đã giúp FBI không được tiết lộ.
Apple đã từ chối yêu cầu của FBI do lo ngại việc tạo ra một phiên bản sửa đổi của hệ điều hành iOS có thể ảnh hưởng bảo mật đến hàng triệu người dùng iPhone.
Ông James Comey cho biết FBI giữ bí mật về tổ chức cũng như phần mềm họ đã sử dụng để mở khóa. Những người sử dụng phần mềm này cũng phải tuyệt đối giữ bí mật.
Trong một vụ kiện khác ở New York, FBI đã yêu cầu Apple giúp mình truy nhập dữ liệu từ chiếc iPhone 5s chạy hệ điều hành iOS 7 được sử dụng bởi một kẻ buôn ma túy, nhưng Apple cũng đã từ chối. Chính phủ Mỹ đã kháng án sau khi tòa án đưa ra phán quyết có lợi cho Apple.
