Từ chiều tối 16/9 đến đêm 17/9, khu vực Lào Cai, Tuyên Quang, Phú Thọ, Thái Nguyên, Bắc Ninh, Hưng Yên, Ninh Bình, thành phố Hà Nội, thành phố Hải Phòng, Thanh Hóa và Nghệ An có mưa 50-90mm, có nơi trên 200mm. Lạng Sơn, thành phố Quảng Ninh và phía nam Sơn La có mưa 30-50mm, có nơi trên 90mm.
Đến chiều 16/9, lũ trên sông Bôi (Phú Thọ) đang xuống, trên báo động 3; sông Hoàng Long (Ninh Bình) đang lên, trên báo động 3. Tại Thanh Hóa, thượng lưu sông Bưởi đang lên, trên báo động 3; hạ lưu sông Bưởi đang lên, dưới báo động 3; sông Âm tại trạm Lang Chánh trên báo động 3.
Trong 24 giờ tới, lũ trên sông Bôi tiếp tục xuống, ở mức báo động 1-báo động 2. Lũ trên sông Hoàng Long tiếp tục lên trên báo động 3, sau đó biến đổi chậm. Tại Thanh Hóa, lũ trên sông Bưởi tiếp tục lên trên báo động 3; sông Âm xuống báo động 1; lũ trung lưu sông Mã tiếp tục lên trên báo động 2.
Trung tâm Dự báo Khí tượng thủy văn quốc gia cảnh báo nguy cơ rất cao xảy ra lũ quét, sạt lở đất tại Sơn La, Phú Thọ, Lào Cai, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Quảng Ninh, Thanh Hóa và Nghệ An, tập trung tại khu vực vùng núi, sườn dốc và những nơi đã có mưa lớn kéo dài.
Tại Hà Nội, trong đêm 16/9 và ngày 17/9 có mưa to, lượng mưa phổ biến 40-70mm, có nơi trên 100mm.