TP Cần Thơ đang tiến hành xây bờ kè dài gần 2km nhằm chống sạt lở bờ sông Hậu. Riêng tại bến thượng lưu (bờ trái) phà Cần Thơ, từ năm 1968 đến nay bị sạt lở sâu vào bờ 17,2 m buộc cụm phà Hậu Giang đã phải chi nhiều tỷ đồng để khắc phục.
Theo báo cáo của cơ quan chức năng: trên khúc sông Hậu thuộc địa bàn thành phố Cần Thơ có 16 điểm sạt lở, trong đó có 8 điểm sạt lở mạnh tập trung tại đoạn sông phía trái từ cửa sông Cần Thơ đến khu vực Tân Quái, Đông Phú, cù lao Lục Sĩ Thành (Vĩnh Long); bờ phải sông Hậu cũng bị sạt lở sâu vào bờ 7,2 m.
Nguyên nhân sạt lở do thủy lực dòng chảy lớn, nhất là về mùa lũ; hình thái sông quanh co làm dòng chảy hướng vào bờ ở lừng đoạn do cấu trúc địa chất bờ sông không chắc chắn, nhất là việc khai thác cát sông không đúng quy định (khai thác gần bờ, khai thác quá sâu...)
Thành phố đã phối hợp với tỉnh Vĩnh Long, Đồng Tháp (là hai địa phương có chung mỏ cát trên sông Hậu) tăng cường kiểm tra, kiểm soát ngăn chặn nạn khai thác cát trái phép hoặc quá mức cho phép dẫn đến làm thay đổi dòng chảy. Đồng thời khuyến cáo nhân dân ven sông trồng cây chắn sóng, gia cố bờ sông... để không làm trầm trọng thêm tình trạng sạt lở.