Theo quy định hiện hành của Luật số 71/2014/QH13, phân bón và máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp không thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng (VAT) nên doanh nghiệp sản xuất phân bón không được khấu trừ thuế đầu vào cho nguyên vật liệu, máy móc và dịch vụ, thông thường khoảng 10%.
Đây là một trong những tác nhân làm tăng giá phân bón, khiến các doanh nghiệp phân bón nội địa mất lợi thế cạnh tranh so với hàng nhập khẩu. Vì vậy, trong sửa đổi Luật Thuế VAT lần này, Chính phủ đề xuất đưa các hàng hóa là đầu vào cho sản xuất nông nghiệp, trong đó có phân bón, từ đối tượng không chịu thuế VAT sang đối tượng chịu thuế 5%.
Bên cạnh sự đồng tình với dự thảo sửa đổi luật của Chính phủ, cũng có ý kiến khác đề nghị nên giữ quy định hiện hành vì lo ngại khi đánh thuế 5% sẽ làm tăng giá phân bón trên thị trường và nông dân sẽ phải chịu tác động trực tiếp, ảnh hưởng đến giá thành sản phẩm nông nghiệp.
Tuy nhiên, theo nhận định của Bộ Tài chính, giá phân bón không chỉ phụ thuộc vấn đề thuế tăng hay giảm, mà còn phụ thuộc vào giá thành sản xuất, tình hình thị trường và vấn đề cung cầu… Đơn cử, khi đang áp dụng thuế suất 0% với phân bón, giai đoạn 2018-2022, giá phân đạm urê vẫn tăng 19,71-43%.
Nghiên cứu của Dự án tăng cường năng lực cạnh tranh khu vực tư nhân Việt Nam (IPSC), do Cơ quan Phát triển quốc tế Hoa Kỳ (USAID) tài trợ, cũng chứng minh việc áp thuế VAT sẽ có lợi hơn cho doanh nghiệp và nông dân Việt Nam.
Theo tính toán của Dự án IPSC, giá bán phân bón sản xuất trong nước sau khi áp thuế VAT đầu ra 5% sẽ là: Urê giảm 2%, DAP giảm 1,13%, lân giảm 0,87%, NPK tăng 0,09%. Ngược lại, giá phân bón nhập khẩu: Urê, NPK, DAP (trực tiếp cho sản xuất nông nghiệp) và SA, Kali (đầu vào cho sản xuất phân bón) có thể tăng 5%.
Đối với nông dân sử dụng chủ yếu phân bón trong nước, giá bán các loại phân bón giữ nguyên hoặc giảm, sẽ giúp chi phí sử dụng phân bón trong nước ước giảm 453 tỷ đồng.
Điều này cho thấy, lập luận áp thuế VAT 5% chắc chắn làm tăng giá phân bón như một số ý kiến lo ngại là không có cơ sở. Trái lại, chính sách mới về thuế VAT còn là cơ sở để doanh nghiệp nội địa đang cung ứng 73% tỷ trọng phân bón trong nước có thể tiết giảm chi phí sản xuất, từ đó hạ giá thành sản phẩm tới tay nông dân.
Báo cáo phân tích của IPSC cho rằng, khi được áp thuế VAT đầu ra, doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước được khấu trừ thuế VAT đầu vào sẽ giảm áp lực khi đầu tư/sửa chữa, đầu tư công nghệ mới, xanh hóa sản xuất.
Thời gian qua, những bất cập trong quy định doanh nghiệp phân bón trong nước đóng thuế VAT 0% nên cũng không được hoàn thuế VAT cho các chi phí đầu vào khiến các doanh nghiệp chịu nhiều thiệt thòi, hiệu quả sản xuất giảm.
Trong khi đó, các doanh nghiệp nhập khẩu phân bón lại được hưởng lợi từ việc được hoàn thuế VAT dẫn đến thiếu hài hòa về mặt lợi ích giữa các doanh nghiệp. Điều này dẫn đến tình trạng nhập khẩu phân bón chiếm lĩnh thị trường, ngành sản xuất phân bón trong nước gặp khó khăn thất thu ngân sách, thiếu các sản phẩm phân bón nội địa chất lượng.
Theo đề nghị của Bộ Công thương, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Kiểm toán Nhà nước, một số đoàn đại biểu Quốc hội, Hiệp hội Phân bón, doanh nghiệp sản xuất phân bón… đã liên tục kiến nghị chuyển lại mặt hàng phân bón từ đối tượng không chịu thuế VAT sang đối tượng chịu thuế suất 5%. Kiến nghị này cũng đã được các cơ quan của Chính phủ và Quốc hội đưa vào nhiệm vụ rà soát hệ thống văn bản quy phạm pháp luật.
Đề xuất trong sửa đổi Luật Thuế VAT về việc áp thuế VAT 5% với phân bón được kỳ vọng tạo bình đẳng pháp luật, giúp doanh nghiệp sản xuất trong nước có dư địa giảm giá sản phẩm trong nước và cạnh tranh được với phân bón nhập khẩu. Nông dân được thụ hưởng từ việc nhiều chi phí hiện hành của doanh nghiệp không phản ánh vào giá phân bón. Điều này giúp sản xuất nông nghiệp trong nước có được sự chủ động trong đầu tư phát triển bền vững, nông dân được hưởng lợi lâu dài.