Qua thư tố giác của quần chúng, đầu năm 2012, Sở Y tế tỉnh Cà Mau đã lập tổ công tác tiến hành kiểm tra tài chính Bệnh viện đa khoa khu vực Trần Văn Thời. Qua kiểm tra đã phát hiện từ năm 2007-2011, việc quản lý, sử dụng quỹ tiền mặt ở đây mất cân đối với số tiền lên đến trên 6,6 tỷ đồng; để ngoài sổ sách kế toán, chiếm đoạt chia nhau số tiền thu viện phí lên đến trên 3,2 tỷ đồng.
Liên quan đến vụ việc này, ngay sau đó đã đình chỉ công tác đối ông Nguyễn Hùng Thạch, giám đốc và kế toán trưởng, thủ quỹ cùng một số người có liên quan tại Bệnh viện Trần Văn Thời.
Để làm rõ vụ việc, UBND tỉnh Cà Mau đã chỉ đạo Thanh tra Nhà nước tiến hành thanh tra toàn diện vụ việc có liên quan về quản lý tài chính của Bệnh viện đa khoa khu vực Trần Văn Thời và phát hiện nhiều sai phạm về tài chính với số tiền thất thoát trên 12 tỷ đồng.