Theo MRB, dự án đã tiến hành khảo sát hiện trạng khoảng 3.000 công trình xây dựng nằm trong vùng ảnh hưởng, đánh giá rủi ro khi thi công. Toàn bộ các công trình này đều được thiết kế, lắp đặt hệ thống quan trắc thường xuyên, liên tục trong suốt quá trình thi công để kiểm soát an toàn; nếu thấy bất kỳ dấu hiệu bất thường nào, dự án ngay lập tức tạm dừng thi công tại khu vực đó và có giải pháp xử lý.
Thông qua kết quả quan trắc, khảo sát hiện trạng, dự án đã thống kê 50 công trình xây dựng bị ảnh hưởng khi máy đào hầm TBM bắt đầu hoạt động, trong đó có bảy hộ phải dỡ bỏ nhà, 43 hộ tạm cư. Dự án xây dựng khung chính sách hỗ trợ kinh phí chưa từng có tiền lệ, làm căn cứ thỏa thuận sử dụng đất trong thời gian thi công tuyến hầm.
Tháng 11/2019, Dự án tiếp nhận đơn phản ánh của bà Nguyễn Thị Bích về việc công trình tại địa chỉ số 431 Kim Mã, Quận Ba Đình, Hà Nội (được xây dựng từ năm 1994) bị nứt và hư hỏng, cho rằng nguyên nhân do ảnh hưởng từ việc thi công nhà ga S9.
Tại thời điểm đó, dự án đã kiểm tra các số liệu quan trắc với kết quả nằm trong ngưỡng an toàn. Với các vết nứt do điều kiện bảo trì kém, ẩm thấp gây rỉ thép dẫn tới nứt vỡ, dự án đề xuất phương án sửa chữa và hỗ trợ kinh phí. Tuy nhiên, chủ nhà yêu cầu nhà thầu phải xây lại nhà mới hoặc đền bù giá trị tương đương.
Đến tháng 11/2021 các số liệu quan trắc về độ lún của tòa nhà đã vượt ngưỡng an toàn cho phép. Dự án ngay lập tức kích hoạt quy trình hệ thống bảo đảm an toàn cho tòa nhà.
Theo báo cáo đánh giá của tư vấn kiểm định độc lập thực hiện, kết luận toà nhà bị nứt, hư hỏng do hai nguyên nhân chính: tòa nhà đã xuống cấp do đã sử dụng từ năm 1994 và do ảnh hưởng từ việc thi công nhà Ga S9.
Tư vấn kiểm định kiến nghị nên xây mới lại tòa nhà và nhà thầu phải đền bù theo tỷ lệ 32,55% tổng giá trị xây mới (cách tính trừ khấu hao theo thời gian sử dụng). Tư vấn độc lập đã lập dự toán theo quy định của Nhà nước, theo đó giá trị 32,55% mà nhà thầu phải đền bù sẽ là: giá trị bồi thường cho xây nhà 523.773.682 đồng, hỗ trợ tạm cư 50 triệu đồng, hỗ trợ vận chuyển đồ 5,16 triệu đồng.
Bà Bích đã đồng ý với tỷ lệ đền bù 32,55% nhưng không đồng ý giá trị dự toán xây dựng mới tòa nhà. Dự án tiếp tục xem xét nội dung đề nghị của bà Bích, đồng thời kiến nghị UBND phường Ngọc Khánh tiếp tục hỗ trợ các bên để hoà giải, sớm kết thúc vụ việc tranh chấp trên tinh thần hỗ trợ và tuân thủ quy định của thành phố.
Đối với công trình nhà tại địa chỉ số 15, ngõ 51 phố Quốc Tử Giám, phường Văn Chương, quận Đống Đa, Hà Nội, chủ hộ là ông Lê Hữu Đa, công trình nằm gần khu vực thi công nhà ga S11.
Trước khi thi công, ngày 25/1/2018 ghi nhận tòa nhà của ông Đa đã có nhiều vết nứt. Ngày 15/1/2020, Dự án tiến hành khảo sát lần thứ hai tiếp tục ghi nhận công trình có nhiều vết nứt nghiêm trọng ở tầng một và tầng hai, các vết nứt này phát triển lớn và nhiều hơn so với kết quả khảo sát lần thứ nhất.
Như vậy, nhà ông Đa đã bị nứt nghiêm trọng trước khi nhà thầu tiến hành thi công tại ga S11 và do kết cấu tòa nhà đã bị xuống cấp theo thời gian, không được bảo trì phù hợp; ngoài ra việc lún, nứt phát triển nhanh hơn do tác động thêm của công trình sát cạnh mới được xây dựng trong năm 2020.
Dù nguyên nhân không đến từ việc xây dựng nhà ga S11 nhưng dự án vẫn tiếp tục duy trì công tác quan trắc theo dõi và có báo cáo định kỳ, đồng thời hỗ trợ chi trả tiền tạm cư (5 triệu đồng/tháng) trong thời gian từ 4/2021 đến 8/2021.
Nếu gia đình ông Đa vẫn chưa thấy thỏa mãn với kết luận trên thì Ban sẽ đề nghị gia đình ông Đa và UBND phường Văn Chương mời đơn vị chuyên môn vào đánh giá độc lập. Kết quả kết luận nếu nguyên nhân đến từ dự án, Ban sẽ chỉ đạo nhà thầu phải có trách nhiệm thanh toán toàn bộ các chi phí liên quan.