Theo cáo trạng, Quỹ phát triển Khoa học và Công nghệ Thành phố Hồ Chí (thuộc Sở Khoa học và Công nghệ) hoạt động với chức năng thúc đẩy ứng dụng kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, chuyển giao công nghệ.
Tháng 8/2009, Nguyễn Trọng Vũ, Giám đốc Công ty đầu tư và phát triển công nghệ Huy Hoàng (chuyên lĩnh vực chip) gửi hồ sơ đến Sở Khoa học và Công nghệ đề nghị hỗ trợ kinh phí từ ngân sách sự nghiệp khoa học số tiền 5,1 tỷ đồng để thực hiện dự án.
Ông Phan Minh Tân cùng các thành viên thẩm định và đồng ý hỗ trợ số tiền 4,9 tỷ đồng, thời hạn 18 tháng cho công ty này. Sau đó, công ty tiếp tục được cấp kinh phí 700 triệu đồng dù không hoàn thành dự án, cũng không hoàn trả kinh phí lại quỹ, gây thiệt hại hơn 3,1 tỷ đồng trong dự án này.
Đến tháng 9/2009, Nguyễn Trọng Vũ tiếp tục gửi công văn đến Sở Khoa học và Công nghệ đề nghị vay 10 tỷ đồng thực hiện dự án 2 và được đồng ý. Đến ngày 13/5/2011, Nguyễn Trọng Vũ xuất cảnh đi nước ngoài.
Theo cơ quan chức năng, qua điều tra, tính đến ngày 30/6/2021 các dự án đã gây thiệt hại hơn 22,6 tỷ đồng (tính cả gốc và lãi).
