Theo hồ sơ vụ việc vào tháng 3-2006, ông Nguyễn Trần bị cơ quan điều tra bắt tạm giam, sau đó Viện KSND tỉnh Đồng Nai truy tố về tội hiếp dâm trẻ em. Tuy nhiên, đến ngày 5-1-2007, Viện Khoa học Hình sự, Bộ Công an kết luận giám định AND thì ông Nguyễn Trần không phải là cha của đứa bé.
Ngày 10-4-2007, Viện KSND tỉnh Đồng Nai ra quyết định thay đổi nội dung truy tố ông Trần, từ tội hiếp dâm sang giao cấu với trẻ em. Sau ba phiên tòa xét xử, ông Trần liên tục kêu oan và được tòa án trả hồ sơ, điều tra lại nhưng không đủ chứng cứ để buộc tội ông Trần.
Ngày 24-12-2007, Viện KSND tỉnh Đồng Nai ra quyết định hủy bỏ quyết định tạm giam, cấm đi khỏi nơi cư trú đối với ông Trần. Do hết thời hạn điều tra mà không chứng minh được hành vi phạm tội, nên tháng 3-2008, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Đồng Nai ban hành quyết định đình chỉ điều tra bị can đối với ông Trần.
Tại buổi xin lỗi, đại diện Viện KSND tỉnh Đồng Nai đã công khai xin lỗi ông Nguyễn Trần. Riêng vấn đề bồi thường thiệt hại đang được Tòa án Nhân dân huyện Xuân Lộc thụ lý, vì trước đó ông Trần đã có đơn khởi kiện Viện KSND tỉnh Đồng Nai.
