Theo phương án được duyệt, tuyến đường sắt có điểm đầu tại ga Bến Thành và điểm cuối tại depot Cần Giờ, đặt trên khu đất rộng khoảng 39ha thuộc xã Cần Giờ. Tuyến đi qua nhiều khu vực trung tâm và cửa ngõ phía nam thành phố như đường Ký Con, Nguyễn Tất Thành, Nguyễn Văn Linh, khu vực cầu Phú Mỹ, huyện Nhà Bè trước khi kết nối đến Cần Giờ.