Hội nghị có sự tham dự của lãnh đạo cấp cao các nước Campuchia, Lào, Myanmar, Thái Lan. Đoàn Việt Nam tháp tùng Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc tham dự Hội nghị có đại diện lãnh đạo các Bộ: Ngoại giao, Kế hoạch và Đầu tư, Giao thông vận tải, Công thương, Tài nguyên và Môi trường, Thông tin và Truyền thông, Y tế và Văn phòng Chính phủ.
Hội nghị là hoạt động thường niên của lãnh đạo các nước Mê Công và Nhật Bản, với nội dung chính là rà soát tiến trình hợp tác trong năm qua và thảo luận phương hướng nâng cao hiệu quả hợp tác trong giai đoạn tới.
Các nhà lãnh đạo đánh giá cao hợp tác của Nhật Bản với các nước Mê Công trong cuộc chiến chống Covid-19 cũng như kết quả hợp tác trong hơn một thập kỷ qua. Hội nghị ghi nhận những tiến triển trong triển khai Chiến lược Tokyo 2018, Tầm nhìn Phát triển công nghiệp Mê Công 2.0, Sáng kiến Mê Công - Nhật Bản về các Mục tiêu phát triển bền vững hướng tới 2030, Sáng kiến KUSANONE Mê Công về phát triển bền vững...
Ngoài ra, lãnh đạo các nước Mê Công hoan nghênh những sáng kiến do Thủ tướng Suga Yoshihide đề xuất tại Hội nghị, bao gồm Sáng kiến Đối tác Đầu tư vì Mục tiêu phát triển bền vững (SDG) Mê Công, hợp tác tăng cường chuỗi cung ứng khu vực, và các chương trình nâng cao năng lực trong một số lĩnh vực chuyên ngành.
Tại Hội nghị, lãnh đạo các nước đánh giá kinh tế thế giới nói chung và khu vực Mê Công nói riêng đang tiếp tục đối mặt với những thách thức to lớn do đại dịch Covid-19, thiên tai, và các bất ổn địa chính trị. Trong bối cảnh đó, các nhà lãnh đạo tái khẳng định nỗ lực chung vừa phòng chống, ứng phó với dịch bệnh, vừa tái thiết nền kinh tế.
Các nhà lãnh đạo nhất trí cần tăng cường hơn nữa kết nối, nhấn mạnh tầm quan trọng của phát triển kinh tế kết hợp bảo vệ môi trường, giảm thiểu hậu quả thiên tai, gia tăng khả năng thích ứng với biến đổi khí hậu, sử dụng và quản lý bền vững nguồn nước sông Mê Công, chuyển đổi kỹ thuật số để nắm bắt cơ hội từ Cách mạng công nghiệp 4.0, thúc đẩy phát triển chuỗi cung ứng khu vực.
Phát biểu ý kiến tại Hội nghị, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc khẳng định đóng góp quan trọng của quan hệ đối tác chiến lược Mê Công - Nhật Bản đối với phát triển kinh tế xã hội của các nước thành viên cũng như đối với hòa bình, ổn định và phồn vinh ở khu vực. Thủ tướng cũng chỉ ra một số định hướng cho phát triển của hợp tác Mê Công - Nhật Bản giai đoạn tới, theo đó, nhiệm vụ cấp bách là tiếp tục kiểm soát tốt đại dịch Covid-19 và từng bước phục hồi kinh tế, hỗ trợ người lao động, doanh nghiệp nối lại hoạt động sản xuất, kinh doanh trong môi trường “bình thường mới”.
Để làm được điều này, các bên cần: (i) Thúc đẩy dòng chảy thương mại và đầu tư giữa sáu nước, phát huy tối đa lợi thế cạnh tranh và sự bổ trợ của các nền kinh tế; (ii) Tăng cường hợp tác về y tế thông qua chia sẻ thông tin và biện pháp ứng phó dịch Covid-19; hợp tác nghiên cứu dịch tễ học, phát triển và sản xuất vaccine, bảo đảm tiếp cận vaccine công bằng và hợp lý cho tất cả các nước; (iii) Tăng cường hợp tác về quản lý bền vững nguồn nước Mê Công, ứng phó thiên tai và biến đổi khí hậu, trong đó chú trọng bảo tồn đa dạng sinh học, nâng cao năng lực cảnh báo sớm, phòng chống hạn hán và lũ lụt, và phát triển nông nghiệp thông minh.
Kết thúc Hội nghị, các nhà lãnh đạo đã thông qua Tuyên bố chung Hội nghị cấp cao Mê Công - Nhật Bản lần thứ 12; nhất trí tổ chức Hội nghị cấp cao Mê Công - Nhật Bản lần thứ 13 trong năm 2021 tại Nhật Bản.