Kết quả thanh tra cho thấy, năm 2011 công ty có lợi nhuận hơn 4,2 tỷ đồng từ khoản lãi số tiền nhà nước cấp bù thủy lợi phí cho công ty thay cho nông dân, công ty đã nhận về và đem gửi vào các ngân hàng. Theo quy định hiện hành, khoản tiền lãi này phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế suất 25% nhưng công ty đã hạch toán, quyết toán số lợi nhuận này vào phần lợi nhuận được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp.
Từ việc hạch toán, quyết toán sai năm 2011, đoàn thanh tra đẩy lùi thời điểm thanh tra về năm 2010 thì thấy trong năm này công ty cũng có lợi nhuận từ hoạt động tài chính là hơn 2,2 tỷ đồng nhưng công ty cũng đã hạch toán, quyết toán số lợi nhuận này vào phần lợi nhuận được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp.
Theo đó, tổng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải truy thu do hạch toán, quyết toán sai trong hai năm là hơn 1,6 tỷ đồng. Ngoài ra công ty còn trích hai quỹ khen thưởng, phúc lợi trước thuế là trái với quy định tại Nghị định 09/2009/NĐ-CP ngày 5 tháng 2 năm 2009 của Chính phủ.
Chấp hành kết luận thanh tra, công ty TNHH một thành viên sông Chu đã nộp hơn 1,6 tỷ đồng về ngân sách nhà nước; tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm, không để tái diễn sai phạm.
