Từ ngày 19-12-2016, xuất hiện ngao chết tại các vùng nuôi ở các huyện: Nga Sơn, Hậu Lộc và Hoằng Hóa và hiện trạng ngao chết hàng loạt kéo dài đến 30-1-2017, với tổng diện tích ngao bị chết là 636 ha. Trong đó, khu vực Hòn Nẹ, huyện Nga Sơn phát sinh tỷ lệ ngao chết từ 40 đến 70% trên diện tích120 ha; huyện Hoằng Hóa có 39 ha tỷ lệ ngao chết 70 đến 90% và huyện Hậu Lộc có 477 ha, thuộc xã Hải Lộc và xã Đa Lộc có tỷ lệ ngao chết 70%. Riêng xã Hải Lộc có 227 ha của 241 hộ nuôi ngao và từ ngày 19-12-2016 đến ngày 12-1-2017 phát sinh tỷ lệ ngao chết trên 70%.
Ngày 30-12-2016, một số hộ nuôi ngao bắt được hai đối tượng chở chất thải của doanh nghiệp chế biến mực đổ trái phép chất thải ra biển. Chính quyền sở tại đã lập biên bản sự việc, niêm phong tang vật, báo cáo cơ quan chức năng.
Ngay sau khi phát sinh hiện tượng ngao bị chết, Trung tâm chẩn đoán thú y Trung ương - Cục Thú y; Trung tâm chất lượng nông lâm thủy sản vùng I, Trung tâm quan trắc môi trường và bệnh thủy sản miền Bắc - Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản 1, Viện Khoa học hình sự - Bộ Công an, Sở Tài nguyên và Môi trường đã tiến hành phân tích tác nhân gây bệnh trên ngao, chất lượng nước, trầm tích vùng nuôi ngao; phân tích một số độc tố hóa học trong nguồn nước và tang vật chất xả thải; quan trắc khí tượng thủy văn tại vùng nuôi ngao tập trung ở huyện Hậu Lộc. Kết quả cho thấy: Ngao không bị nhiễm tảo độc, kim loại nặng độc hại như: chì, thủy ngân, cadimi, ngao chết không phải do dịch bệnh; sản phẩm ngao tại vùng nuôi Hải Lộc vẫn bảo đảm các chỉ tiêu an toàn thực phẩm. Hiện trạng ngao chết do kết hợp bởi các yếu tố: Ngao nuôi mật độ cao (ngao thịt 1.000 con/m2, trong khi hướng dẫn kỹ thuật là 300 con/m2) nên ngao gầy, yếu do cạnh tranh nguồn thức ăn và không gian sống lại gặp môi trường xấu, biến động mạnh, ngao dễ sốc và bị chết. Biến động lớn về nhiệt độ giữa ngày và đêm, nhiệt độ xuống thấp vào ban đêm đúng thời gian triều kiệt, phơi bãi ngao kết hợp với ngao yếu đã gây ra hiện tượng ngao chết. Chất lượng nước vùng nuôi ngao tại thời điểm kiểm tra có biểu hiện ô nhiễm, một số chỉ tiêu cơ bản cao hơn giới hạn cho phép đối với nuôi trồng thủy sản như Amoni, sắt tổng số, Coliform. Vùng nuôi ngao Hậu Lộc thuộc vùng hạ lưu của Lạch Trường và Lạch Sung nên tất cả các chất thải chưa xử lý từ thượng nguồn của hai con sông đổ về có thể gây ô nhiễm vùng nuôi. Thêm nữa nước thải, chất thải chưa qua xử lý từ các cơ sở chế biến thủy sản, trang trại chăn nuôi khu vực lân cận, chất thải sinh hoạt dân cư vô tình làm tăng ô nhiễm môi trường vùng nuôi.
Theo cơ quan chức năng tỉnh Thanh Hóa: Việc đổ thải ngày 30-12-2016 đã được Cơ quan Cảnh sát điều tra (CSĐT) Công an tỉnh Thanh Hóa xác định thành phần và nguồn gốc chất thải gồm: da mực, ruột mực, nước thải phát sinh từ chế biến mực của doanh nghiệp tư nhân Hoàng Văn Thắng do ông Hoàng Văn Tuấn làm chủ doanh nghiệp, đóng trên địa bàn xã Ngư Lộc. Bà Nguyễn Thị Tuyết (vợ ông Hoàng Văn Tuấn) nhờ em ruột là Nguyễn Quốc Tú mang đi đổ thải. Sau đó, anh Tú vận chuyển ra đê và thuê người mang ra biển đổ. Đối tượng trực tiếp đổ thải là vợ chồng anh Hoàng Văn Thành, chị Hoàng Thị Huệ, trú tại thôn Thành Lập, xã Ngư Lộc. Ngày 1 và 2-1-2017, Cơ quan CSĐT Công an huyện Hậu Lộc phối hợp Phòng kỹ thuật hình sự, Công an tỉnh Thanh Hóa tổ chức lấy mẫu theo quy định của pháp luật gồm: ba mẫu chất thải đựng trong ba thùng nhựa (tang vật xả thải), mẫu ngao chết, mẫu cát và mẫu nước biển tại vùng nuôi ngao. Các mẫu trên được quyết định trưng cầu Viện Khoa học hình sự - Bộ Công an giám định theo yêu cầu của cơ quan điều tra để làm rõ nguyên nhân ngao chết. Ngày 16-2-2017, Viện Khoa học hình sự có kết quả giám định như sau: Trong các mẫu nước, mẫu cát, mẫu chất thải đều không tìm thấy các chất độc thường gặp; các mẫu ngao đã chết đều không tìm thấy các chất độc thường gặp. Trong các mẫu chất thải đều có hàm lượng cadimin và Amoni (NH4) cao. Hàm lượng Amoni (NH4 +) cao sẽ làm cho thực vật phù du phát triển quá mức không có lợi cho động vật, cho cá; các thành phần nguy hại (Cd, NH4 +) của chất thải ảnh hưởng không có lợi cho tôm, cua, cá, ngao, thủy sinh. Qua kiểm tra, xác minh của cơ quan chức năng còn làm rõ, tại doanh nghiệp Hoàng Văn Thắng, từ tháng 7-2016 đến 30-12-2016 có phát sinh chất thải là da mực, ruột mực, hoi mực, nước thải trong quá trình chế biến mực. Ngoài lấy một phần chất thải nuôi lợn, số chất thải còn lại bà Tuyết nhờ em ruột Nguyễn Quốc Tú vận chuyển đi đổ thải khoảng 20 chuyến, mỗi chuyển từ 5 đến 7 thùng, dung tích từ 30 đến 50 lít/thùng.
Toàn cảnh buổi thông báo nguyên nhân ngao chết.
Tại buổi thông báo kết quả xác định nguyên nhân ngao chết, các hộ, người nuôi ngao xã Hải Lộc đã đề nghị đồng chí Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa Nguyễn Đình Xứng chỉ đạo các ngành chức năng làm rõ hơn hành vi đổ thải của Doanh nghiệp Hoàng Văn Thắng; chưa đồng tình với kết quả phân tích mẫu chất thải thủy hải sản mà Doanh nghiệp Hoàng Văn Thắng thuê vợ chồng anh Hoàng Văn Thành, bà Hoàng Thị Huệ đổ ra biển. Liên quan đến công tác bảo vệ môi trường, người dân đề nghị cơ quan chức năng vào cuộc làm rõ hành vi đào cống xả thải qua đê kênh De của một số doanh nghiệp chế biến hải sản. Các hộ nuôi ngao ở xã Hải Lộc cũng đề nghị cơ quan có thẩm quyền nên có chính sách hỗ trợ thiệt hại cho các hộ nuôi và các ngân hàng nên giãn nợ cho hộ vay vốn có ngao nuôi bị chết.
Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa Nguyễn Đình Xứng chia sẻ với những thiệt hại của các hộ, người nuôi ngao; thẳng thắn thừa nhận việc công bố kết quả của các cơ quan chức năng của tỉnh còn chậm và phân tích mật độ nuôi ngao ở xã Hải Lộc tương đối dày, ngao gầy, sức đề kháng kém nên kết luận của cơ quan chức năng là ngao chết do tổng hợp các yếu tố như mật độ nuôi dày, sức đề kháng kém, khí hậu, điều kiện môi trường không thuận lợi là có cơ sở khoa học, thực tiễn. Cơ quan quản lý nhà nước, dư luận kịch liệt lên án hành vi xả thải của doanh nghiệp, cá nhân liên quan nhưng chất thải chế biến hải sản của doanh nghiệp Hoàng Văn Thắng khó gây ra hiện trạng ngao chết diện rộng. Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa giao cho Công an tỉnh sớm xử lý nghiêm minh đối với hành vi đổ thải của anh Hoàng Văn Thành và vợ là Hoàng Thị Huệ, đồng thời tham mưu cho UBND tỉnh phương án xử lý đối với doanh nghiệp Hoàng Văn Thắng. Nếu doanh nghiệp hoạt động không bảo đảm các điều kiện, quy định bảo vệ môi trường có thể bị đình chỉ có thời hạn hoặc cấm sản xuất kinh doanh.
Đồng chí Nguyễn Đình Xứng cũng giao Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp các sở, ngành liên quan nghiên cứu các quy định, nếu có đủ điều kiện thì công bố tình trạng thiên tai để bà con được hưởng các chính sách hỗ trợ; phối hợp ngành Tài chính nghiên cứu, đề xuất cơ chế hỗ trợ người dân một phần trước ngày 30-3 để báo cáo HĐND tỉnh quyết định; kiểm tra ngay thông tin doanh nghiệp đào cống xả thải qua đê theo phản ánh của người dân, báo cáo UBND tỉnh trước ngày 25-3; phối hợp UBND huyện Hậu Lộc kiểm tra tình hình nuôi ngao, hướng dẫn bà con nuôi đúng mật độ, đúng quy trình kỹ thuật, nhằm tránh những tổn thất, bảo đảm chất lượng, hiệu quả ngao nuôi. Dù đã được cơ quan chuyên môn khuyến cáo, những hộ nuôi ngao mật độ quá dày sẽ không được xem xét hỗ trợ thiệt hại, nếu lại xảy ra rủi ro; những vùng không bảo đảm điều kiện nuôi thả ngao thì không tiếp tục nuôi. Chủ tịch UBND tỉnh giao Sở Tài nguyên và Môi trường phối hợp UBND huyện Hậu Lộc tổng kiểm tra việc chấp hành pháp luật về vệ sinh môi trường, kiên quyết yêu cầu các cơ sở sản xuất, cơ sở chế biến hải sản phải chấp hành các quy định bảo vệ môi trường mới được xả thải, không vì phát triển kinh tế mà xem nhẹ việc bảo vệ môi trường. Chủ tịch UBND tỉnh giao ngân hàng nhà nước Thanh Hóa làm việc với các ngân hàng thương mại về cơ chế giãn nợ, khoanh nợ cho các hộ có ngao nuôi thiệt hại.