Ngay sau khi có hiệu lực thi hành, Luật Thuế 71 đã nảy sinh nhiều bất cập, đi ngược lại so với mong muốn ban đầu. Cụ thể, giá bán phân bón trong nước không những không giảm mà còn tăng lên do phải gánh phần thuế VAT đầu vào mà doanh nghiệp không được hoàn thuế do không có thuế VAT đầu ra; tạo ra sự cạnh tranh thiếu công bằng giữa hàng sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu,...

Đông Nam Bộ là khu vực có nhiều cây công nghiệp chủ lực lớn nhất nước như: Điều, cao-su, hồ tiêu và cây ăn trái. Đây đều là những cây trồng có sản phẩm xuất khẩu thuộc tốp đầu, mang về hàng tỷ USD cho Việt Nam. Vì thế, người dân và doanh nghiệp ở Đông Nam Bộ rất quan tâm đến chất lượng và giá cả các loại phân bón bởi đây là vật tư chiếm tỷ trọng lớn nhất trong sản xuất nông nghiệp.

Đề cập đến Luật Thuế giá trị gia tăng (sửa đổi), một trong số các nội dung được các đại biểu Quốc hội đề cập là việc cần làm rõ nội dung dịch vụ tài chính phái sinh trong dự thảo luật.