Nhiều hoạt động khởi nghiệp đổi mới sáng tạo chỉ mang tính thời điểm, các tổ chức hỗ trợ ngày càng nhiều nhưng chất lượng không tương xứng, mạng lưới hỗ trợ đơn lẻ và rời rạc, nhiều địa phương chưa kết nối được dự án khởi nghiệp với các nhà đầu tư… là những bất cập trong hệ sinh thái khởi nghiệp đổi mới sáng tạo hiện nay.