Chữ ký số chuyên dùng công vụ có mức độ an toàn kỹ thuật, tính bảo mật rất cao, dùng cho người, cấp có thẩm quyền nên mỗi văn bản giao dịch đều ảnh hưởng đến nhân dân, quốc gia, dân tộc. Vì vậy, theo các đại biểu Quốc hội, loại chữ ký số này cần phải được quản lý đặc biệt và phải được rà soát kỹ lưỡng để bảo đảm bí mật và an toàn.