Theo phương án phân luồng, các xe ô-tô từ phía đường Cổ Linh (quận Long Biên, Hà Nội) vào nút giao để đi Hải Phòng thì đi qua gầm cầu vượt trên đường vành đai 3 rồi đi thẳng.
Nếu đi tỉnh Bắc Ninh, thì đi qua gầm cầu vượt trên đường vành đai 3, rẽ phải lên nhánh rẽ trên đường vành đai 3 và đi thẳng.
Nếu đi cầu Thanh Trì thì rẽ phải vào đường nhánh trước cầu vượt lên vành đai 3.
Đi đường Đông Dư - Dương Xá (khu vực đô thị Vinhomes Ocean Park), đi thẳng qua gầm cầu vượt trên đường vành đai 3, sau đó đi thẳng đến đường gom cao tốc Hà Nội - Hải Phòng; đi Ecopark, rẽ phải theo đường gom bên phải của nút giao để đi ra nút Ecopark gầm cầu Thanh Trì.
Các xe ô-tô từ Hải Phòng đi vào khu vực nút giao hướng đi đường Cổ Linh, đi qua gầm cầu vượt trên đường vành đai 3 và đi thẳng; đi Bắc Ninh, rẽ phải lên nhánh rẽ trên đường vành đai 3 và đi thẳng; đi cầu Thanh Trì, rẽ vào đường nhánh đi cầu vượt để đi vào đường vành đai 3 phía cầu Thanh Trì.
Các xe ô-tô từ Quốc lộ 5, tỉnh Bắc Ninh, đi vào nút, nếu đi đường Cổ Linh, thì rẽ phải trên đường vành đai 3 xuống đường Cổ Linh; đi thành phố Hải Phòng, thì rẽ trái vào đường nhánh bằng cầu vượt và nhập vào đường song hành sau đó đi vào cao tốc bằng nhánh kết nối; đi cầu Thanh Trì, đi thẳng trên cầu đường vành đai 3 đi về cầu Thanh Trì.
Các xe ô-tô từ cầu Thanh Trì đi vào nút giao, nếu đi Quốc lộ 5 và tỉnh Bắc Ninh, thì đi thẳng trên cầu đường vành đai 3 đi về Quốc lộ 5; đi Hải Phòng thì rẽ phải vào đường nhánh để đi vào đường song hành sau đó đi vào đường cao tốc; đi Cổ Linh thì đi qua cầu vượt cao tốc trên đường vành đai 3 và đi vào nhánh rẽ trái để xuống đường cao tốc và đi thẳng về Cổ Linh.
Cấm toàn bộ xe máy, xe thô sơ lưu thông qua trục chính hầm nối đường Cổ Linh với đường cao tốc Hà Nội - Hải Phòng và các đường nhánh của dự án. Xe máy, xe thô sơ chỉ được phép lưu thông trên các tuyến đường gom chung quanh khu vực nút thông qua hệ thống hầm chui của dự án như hầm chui tại Km9+900 (vành đai 3), hầm chui gầm cầu Gia Lâm tại Km 10+900 (vành đai 3) và hầm chui gầm cầu Km1+300 (cao tốc Hà Nội - Hải Phòng).
Trên các tuyến đường gom chung quanh khu vực nút giao, tổ chức giao thông một chiều cho tất cả các phương tiện lưu thông trên tuyến đường gom xung quanh nút giao theo đúng thiết kế tổng thể của dự án.
Tổ chức giao thông hai chiều cho tất cả các phương tiện lưu thông trên tuyến đường gom nối từ đường Cổ Linh đến nút giao đường 379 (đường đi Ecopark), đoạn từ nút giao đường 379 đến ram kết nối dành cho các xe ô-tô lên đường vành đai 3 đi cầu Thanh Trì.
