Trong quá trình triển khai áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế trên thực tế thời gian qua có phát sinh một số nội dung chưa thực sự phù hợp, cần tiếp tục sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện để phù hợp với tình hình thực tế, yêu cầu cải cách, hiện đại hóa hệ thống thuế, thông lệ quốc tế, cũng như để  bảo đảm cơ sở pháp lý cho việc tiếp tục đẩy mạnh thực hiện áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế.