Định hướng đến năm 2025, đề án sẽ giúp ngành nông nghiệp đạt chứng nhận VietGAP và tương đương trên diện tích khoảng 3 triệu héc-ta trồng trọt; 30.000 ha thủy sản, và khoảng 15.000 cơ sở chăn nuôi. Tỷ lệ cơ sở sơ chế, chế biến thực phẩm nông, lâm, thủy sản được chứng nhận HACCP (hệ thống phân tích mối nguy và kiểm soát điểm tới hạn) sẽ tăng 10%/năm và ISO 22000 hoặc tương đương sẽ tăng 15%/năm. Tỷ lệ quy chuẩn kỹ thuật về chất lượng an toàn thực phẩm nông, lâm, thủy sản tương đương tiêu chuẩn quốc tế đạt 80% và đến năm 2030 đạt 100%.
Sau 15 năm gia nhập WTO, Việt Nam đã ký kết và tham gia 17 FTA, gần đây là các hiệp định thế hệ mới như: Hiệp định Đối tác toàn diện và tiến bộ xuyên Thái Bình Dương (CPTPP); Hiệp định Thương mại tự do Việt Nam-EU (EVFTA) và Hiệp định Đối tác kinh tế toàn diện khu vực (RCEP). Cam kết về SPS trong các hiệp định này được đánh giá là có phạm vi rộng và mức độ cao đối với Việt Nam. Đặc biệt, khi các dòng thuế đối với các mặt hàng nông, lâm, thủy sản và thực phẩm xuất khẩu của Việt Nam được cắt giảm về 0% theo cam kết, thì các yêu cầu kỹ thuật về SPS cũng sẽ ngày càng cao, đòi hỏi cả hệ thống quản lý phải được nâng cấp, kiện toàn đồng bộ.
Tuy nhiên, hiện nay tại Việt Nam, tỷ lệ cơ sở sản xuất được chứng nhận theo các tiêu chuẩn quốc tế về chất lượng, an toàn thực phẩm còn thấp. Cụ thể, tỷ lệ diện tích nuôi trồng thủy sản được chứng nhận VietGAP, GlobalGAP và tương đương (ASC, BAP…) hiện chỉ chiếm khoảng 8%; các cơ sở chế biến kinh doanh nông sản thiết lập và vận hành hệ thống quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm theo HACCP, ISO9000, ISO22000… cũng còn rất ít. Điều này dẫn đến chất lượng sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa đồng đều và thiếu ổn định, giảm tính cạnh tranh trong nước và thế giới.
Việc một số lô hàng nông sản của Việt Nam xuất sang EU bị thu hồi thời gian qua do dư lượng các chất có hại vượt quá quy định; hay tình trạng hàng nghìn xe nông sản xuất khẩu theo phương thức tiểu ngạch hiện đang ùn tắc tại các cửa khẩu Lạng Sơn là minh chứng rõ nét cho những hạn chế trong đáp ứng các yêu cầu về chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm, kiểm dịch động, thực vật của nông sản Việt Nam.
Chính vì vậy, nâng cao năng lực thực thi Hiệp định SPS là yêu cầu tất yếu và cấp thiết trong bối cảnh hiện nay, nhằm đáp ứng các tiêu chuẩn khắt khe của thị trường thế giới về chất lượng, an toàn nông sản; đồng thời hướng tới mục tiêu tăng trưởng xanh của cả nền nông nghiệp Việt Nam.