Theo báo cáo của Bộ NN và PTNT, ngành nông nghiệp nước ta hiện nay chưa có sự đầu tư thỏa đáng, trong đó đầu tư trực tiếp nước ngoài vào nông nghiệp chỉ chiếm 3,4%. Cả nước có khoảng ba nghìn doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông-lâm-thủy sản nhưng chủ yếu là các doanh nghiệp vừa và nhỏ.
Hiện nay, hơn 90% số máy móc phục vụ sản xuất nông nghiệp trong nước phải nhập khẩu từ nước ngoài. Nhiều loại cây trồng, vật nuôi phải nhập khẩu từ nước ngoài, tiềm ẩn nguy cơ rủi ro cao mỗi khi xảy ra dịch bệnh. Trong khi đó, công tác quản lý nhà nước vẫn còn tình trạng chồng chéo, gây phiền hà cho các doanh nghiệp cũng như người sản xuất nông nghiệp.