Ông Nguyễn Trọng Phùng bị khởi tố về hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ trong quá trình cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại thành phố Cao Bằng, gây thiệt hại lớn cho ngân sách Nhà nước.
Việc khởi tố Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Cao Bằng nằm trong quá trình mở rộng điều tra vụ án Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ và thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Văn phòng đăng ký đất đai chi nhánh thành phố Cao Bằng.
Trước đó, một số lãnh đạo, cán bộ của Văn phòng đăng ký đất đai tỉnh Cao Bằng, Chi cục thuế thành phố Cao Bằng và Phòng Quản lý đất đai Sở Tài Nguyên và Môi trường Cao Bằng cũng đã bị khởi tố về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng và Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong quá trình cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại lô đất Trụ sở Đoàn nghệ thuật tỉnh Cao Bằng, gây thiệt hại ngân sách Nhà nước khoảng 9 tỷ đồng.