Kế hoạch thực hiện Hiệp định là cơ sở pháp lý để tổ chức, thực hiện kiểm soát, ngăn chặn có hiệu quả các hoạt động khai thác thủy sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (IUU) của các tàu đánh bắt thủy sản, tàu vận chuyển, chuyển tải thủy sản, sản phẩm thủy sản có nguồn gốc khai thác từ nước ngoài cập cảng Việt Nam để nhập khẩu, tạm nhập, tái xuất, chuyển khẩu, quá cảnh thủy sản qua lãnh thổ Việt Nam. Đồng thời, thực hiện trách nhiệm, nghĩa vụ của quốc gia thành viên theo quy định của Hiệp định; phối hợp với các quốc gia thành viên và cộng đồng quốc tế quản lý, phòng ngừa, ngăn chặn, giảm và xóa bỏ các hoạt động IUU phù hợp các quy định của quốc tế và khu vực, góp phần bảo đảm an ninh lương thực trên toàn cầu. Quản lý khai thác, bảo vệ, phát triển bền vững nguồn lợi thủy sản và các hệ sinh thái biển; khắc phục cảnh báo “thẻ vàng” theo khuyến nghị của Ủy ban châu Âu (EC) đối với sản phẩm thủy sản khai thác của Việt Nam.
Kế hoạch đề ra các nhiệm vụ như: Tuyên truyền, phổ biến các nội dung của Hiệp định cho các tổ chức, cá nhân có liên quan; đào tạo, tập huấn, hội thảo nâng cao năng lực cho thanh tra viên tại cảng, cán bộ thanh tra, tổ chức quản lý cảng để thực hiện Hiệp định; rà soát, chỉ định và công bố cảng chỉ định cho tàu nước ngoài cập cảng; hoàn thiện khung pháp lý, chính sách của Việt Nam bảo đảm tuân thủ Hiệp định và các biện pháp, công cụ quốc tế liên quan; thiết lập cơ chế báo cáo, giám sát, trao đổi thông tin, giải quyết tranh chấp để thực thi Hiệp định.