Theo cơ quan công an, Lê Bá Nga trực tiếp thành lập, điều hành 2 công ty nhưng không có hoạt động kinh doanh mà chỉ thực hiện việc bán hóa đơn, chứng từ khống để thu lời bất chính. Lập Chuyên án số 868T, tập trung xác minh rõ các hành vi vi phạm pháp luật cho kết quả điều tra ban đầu: Từ đầu năm 2020 đến tháng 8/2022, Công ty TNHH Thanh Bình TH có trụ sở tại xã Đông Lĩnh, thành phố Thanh Hóa và Công ty NDS Thanh Hóa, có trụ sở tại thị trấn Cành Nàng, huyện Bá Thước do Lê Bá Nga thành lập đã bán ra số lượng lớn hóa đơn, mỗi hóa đơn Nga thu lời từ 5,5% đến 6% tổng giá trị hàng hóa trên hóa đơn. Thực tế, 2 công ty trên không có hoạt động kinh doanh mà chỉ thực hiện việc bán hóa đơn, chứng từ khống để thu lời bất chính.
Sao kê giao dịch tài khoản ngân hàng của 2 công ty, cơ quan điều tra xác định, tổng số tiền được lưu chuyển trong tài khoản (là tiền hợp thức hóa việc thanh toán hợp đồng mua bán hàng hóa để xuất hóa đơn VAT theo quy định của pháp luật về mua bán, trao đổi hàng hóa) có tổng giao dịch gần 100 tỷ đồng. Đây là tiền hàng hóa được ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng bán cho các công ty có nhu cầu mua hóa đơn đầu vào để kê khai báo cáo với cơ quan thuế nhằm giảm trừ số thuế phải nộp cho nhà nước.
Khám xét nơi ở của Lê Bá Nga tại số nhà 106, Nguyễn Phúc Chu, phường Đông Thọ, Cơ quan Cảnh sát điều tra phát hiện, thu giữ nhiều tài liệu liên quan việc mua bán hóa đơn giá trị gia tăng.
