Trước đó, ngày 15-11-2005, Bình đã bị khởi tố về hành vi nhận hối lộ. Như vậy liên quan đến vụ án này đã có tổng cộng 12 bị can bị tạm giam.
Theo thông tin từ Cơ quan cảnh sát điều tra, từ tháng 8-2003 đến thời điểm bị phát hiện, khởi tố vụ án (tháng 7-2005), Huỳnh Quốc Ngọc, Nguyễn Hoàng Thân và đồng bọn đã thành lập 36 công ty “ma” trên địa bàn TP Cần Thơ (chủ yếu là quận Ninh Kiều), mua 150 cuốn hóa đơn GTGT, tương ứng với 7.500 tờ, xuất khống số lượng hàng hóa trị giá hơn 2.000 tỷ đồng bán cho 450 công ty, doanh nghiệp, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 100 tỷ.
Trong vụ này, Nguyễn Công Bình đã tiếp tay cho Huỳnh Quốc Ngọc cùng đồng bọn trong việc thành lập công ty "ma", mua bán hóa đơn GTGT. Ngọc và đồng bọn hằng tháng chi tiền "bồi dưỡng" cho Bình theo doanh số xuất khống hóa đơn GTGT của từng công ty "ma". Bình còn nhận nhiều quà cáp như điện thoại di động, máy ảnh, vợt tennis...
Cũng tha hóa kiểu Nguyễn Công Bình là bốn cán bộ Chi cục thuế quận Bình Thủy trong đường đây mua bán hóa đơn thuế GTGT ở Cái Răng do Phan Đình Nguyên cầm đầu, bị Công an TP Cần Thơ phát hiện giữa năm 2005. Từ tháng 4-2004 đến tháng 1-2005, Nguyên cùng đồng bọn thành lập 11 doanh nghiệp "ma"; trong đó sáu doanh nghiệp đã bán 23 cuốn hóa đơn GTGT cho 85 doanh nghiệp trên toàn quốc với tổng doanh số thực tế ghi trên hóa đơn là 370.088.746.732 đồng, tiếp tay cho các doanh nghiệp trốn thuế hơn 20 tỷ đồng.
Từ những phi vụ này, Nguyên cùng đồng bọn thu lợi bất chính, chia nhau 2.960.709.973 đồng (0,8% tổng doanh số ghi trên hóa đơn mà bọn chúng bán cho các cá nhân, tổ chức).
Để thực hiện trót lọt hành vi phạm pháp, Phan Đình Nguyên chỉ đạo đàn em là Nguyễn Thành Hoàng và Trần Tuấn Tài mang năm triệu đồng rủ bốn cán bộ thuế quận Bình Thủy là: Lê Văn Tín, Tổ trưởng quản lý DNTN; Trần Tấn Phát, Đội trưởng phụ trách bán hóa đơn; Trần Thiện Lai, Châu Vinh Khôn cùng là cán bộ thuế quản lý DNTN (những người này đã bị khởi tố về hành vi nhận hối lộ) đi ăn nhậu. Sau khi thương thảo, Tín, Khôi, Phát, Lai hứa sẽ giúp đỡ nhưng với điều kiện phải chi tiền bồi dưỡng một tháng 20 triệu đồng.
Theo khai nhận của Phan Đình Nguyên và đồng bọn, tổng số tiền bọn chúng "lót tay" cho bốn cán bộ thuế nói trên là 180 triệu (từ tháng 5-2004 đến tháng 1-2005), điện thoại di động, một vỏ xe Attila. Hằng tháng, Hoàng mang tiền từ TP Hồ Chí Minh xuống Cần Thơ đi cùng Hồ Thị Vân Anh đến Chi cục thuế quận Bình Thủy. Tại đây, Vân Anh làm thủ tục báo cáo thuế; còn Hoàng nhắn Tín, Lai, Khôi, Phát ra quán cà-phê kế bên Chi cục thuế quận Bình Thủy để giao tiền hối lộ. Tháng nào Hoàng không xuống thì gửi tiền theo xe đò để Tín, Khôi, Lai, Phát ra ký nhận.
Đổi lại, nhóm cán bộ thuế tạo điều kiện cho Phan Đình Nguyên và đồng bọn thành lập ba doanh nghiệp là: Quang Trung, M-C, Song Hành trên địa bàn Bình Thủy, mua 17 quyển hóa đơn GTGT, sau đó bán cho các doanh nghiệp với tổng doanh số 297.264.953.593 đồng, thu lợi bất chính, chia nhau 2.488.197.626 đồng.
Qua đối chất, bốn cán bộ thuế chỉ thừa nhận tổng số tiền đã nhận là 36,3 triệu đồng và một điện thoại di động. Khôi, Lai khai cả hai đã lần lượt nhận 13,8 triệu đồng và 14,5 triệu; còn Lê Văn Tín khai chỉ nhận sáu triệu; Trần Tấn Phát, Đội trưởng phụ trách bán hóa đơn, khai chỉ nhận hai triệu đồng (?) trong khi Nguyễn Thành Hoàng khai đã hối lộ cho mỗi người 45 triệu đồng (từ tháng 5-2004 đến tháng 1-2005).
Vụ Phan Đình Nguyên đã được chuyến hồ sơ sang Viện kiểm sát truy tố, còn vụ Huỳnh Quốc Ngọc và đồng bọn do tính chất nghiêm trọng, liên quan nhiều đối tượng, Công án TP Cần Thơ đang tiếp tục làm rõ.