Nguyên liệu chính để nấu món nước lèo nguyên thủy là mắm pra-hooc đặc trưng của người Khmer, nhưng do món mắm này quá nồng, cho nên trong chế biến, người Kinh và người Hoa tại Sóc Trăng đã linh hoạt thay bằng loại mắm cá sặc hay cá linh có mùi vị dịu hơn.
Để nấu nước lèo, trước kia người dân Sóc Trăng thường dùng loại nồi đất cho hương vị thơm ngon và giữ được nóng lâu, còn ngày nay người ta sử dụng thùng hoặc xoong nhôm. Chất liệu mắm dùng nấu nước lèo khi được nấu sôi sẽ tự rã trong nước, vì vậy người nấu chỉ cần thêm vào một số gia vị như củ sả (đập dập), ớt (băm nhuyễn để lấy vị cay), củ ngãi bún (giống củ nghệ nhưng có mầu sậm hơn, có tác dụng khử mùi tanh của mắm và tạo mùi hương dịu nhẹ), ngoài ra còn có nước dừa xiêm hay một ít nước cốt dừa thay cho đường vừa làm ngọt nước vừa tạo được vị béo đặc trưng… Nước lèo sau khi nêm nếm và đun sôi, sẽ để nguội cho cặn mắm lắng xuống đáy nồi, lúc này người nấu mới gạn lấy phần nước trong, đem đun sôi lại là có thể sử dụng. Góp thêm vào phong vị tô bún nước lèo còn phải kể đến các loại rau ghém, gồm bắp chuối thái mỏng, rau muống bào, hẹ, giá, rau húng…, bên cạnh đó không thể thiếu chút vị chua của chanh và chút cay nồng của ớt. Giờ đây tô bún còn hấp dẫn hơn bởi có thêm các loại thực phẩm khác như thịt heo luộc, thịt heo quay, tôm, mực, chả chiên, chả lụa, bánh cống… làm cho món bún nước lèo trở nên đa dạng và ít nhiều mang tính “thời thượng”.
