Theo đó, Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm đã bác đơn kháng cáo kêu oan, xin giảm nhẹ hình phạt, xin hưởng án treo của 25 bị cáo, tuyên y án sơ thẩm; đồng thời bác toàn bộ kháng cáo của 27 người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan về phần dân sự, khởi tố vụ án, các biện pháp tư pháp. Hội đồng xét xử nhận định, bị cáo Phạm Công Danh là người có vai trò chính, chỉ đạo các bị cáo khác thực hiện nhiều hành vi trái pháp luật trong thời gian dài, thủ đoạn tinh vi, thiệt hại là đặc biệt nghiêm trọng. Do đó, cấp sơ thẩm kết án Phạm Công Danh và đồng phạm phạm tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”, “Vi phạm các quy định cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng” là có căn cứ, đúng người đúng tội. Hội đồng xét xử tuyên giữ nguyên mức án 30 năm tù giam đối với bị cáo Phạm Công Danh.
Đóng vai trò giúp sức tích cực cho bị cáo Danh cho nên các bị cáo: Phan Thành Mai (nguyên Tổng giám đốc VNCB) lĩnh 22 năm tù; Hoàng Đình Quyết (nguyên Phó giám đốc VNCB - Chi nhánh Sài Gòn) lĩnh 19 năm tù; Mai Hữu Khương (nguyên Giám đốc VNCB - Chi nhánh Sài Gòn) lĩnh 20 năm tù. Tòa buộc bị cáo Danh có trách nhiệm hoàn lại cho VNCB hơn 63 tỷ đồng là số tiền gây thiệt hại cho VNCB trong hành vi lập khống corebanking. Bị cáo Danh và tập đoàn Thiên Thanh cũng phải liên đới bồi thường cho VNCB hơn 6.000 tỷ đồng cả gốc và lãi từ các hành vi vi phạm rút hoặc vay từ VNCB... Tòa buộc bà Hứa Thị Phấn trả lại 851 tỷ đồng là vật chứng trong hành vi cố ý làm trái quy định, trả cho ngân hàng, nộp lại 97 tỷ đồng là vật chứng. Tòa thu hồi 5.190 tỷ đồng là vật chứng của các bị cáo trong vụ án liên quan đến bà Trần Ngọc Bích và các cá nhân khác vay vào ngày 26-8-2013 của VNCB để trả lại cho ngân hàng. Tòa cũng quyết định khởi tố vụ án cố ý làm trái quy định của Nhà nước liên quan hành vi của Phạm Thị Trang và khởi tố vi phạm quy định cho vay của nhóm HĐ Tín dụng.
Tòa kiến nghị cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố vụ án để xem xét trách nhiệm của các đối tượng, gồm: Phạm Thị Trang, Hứa Thị Phấn, Vũ Thị Như Thảo, Trần Trọng Nghĩa; đồng thời xem xét biện pháp tư pháp đối với số tiền chênh lệch Danh đã trả cho ông Thanh, bà Bích.
Đối với đề nghị của Viện Kiểm sát cấm xuất cảnh với những người đã bị khởi tố và đề nghị xem xét trách nhiệm hình sự tại tòa phúc thẩm, tòa cho biết việc cấm xuất cảnh là biện pháp hành chính, trong quá trình điều tra vụ án giai đoạn 2, nếu xét thấy cần thiết, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an sẽ có quyết định.