Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Bình Thuận, bị can Nguyễn Duy Hiển là kế toán Bệnh viện TP Phan Thiết (nay là Trung tâm Y tế Phan Thiết) có nhiệm vụ quản lý tài chính, tài sản của đơn vị, thực hiện thanh toán tiền lương, tiền phụ cấp, chế độ ốm đau thai sản cho cán bộ, nhân viên hợp đồng ngắn hạn tại đơn vị.
Tuy nhiên, trong thời gian từ tháng 12-2013 đến tháng 6-2018, lợi dụng chức trách, nhiệm vụ được giao, xuất phát từ động cơ vụ lợi, mục đích nhằm chiếm đoạt tài sản nên Nguyễn Duy Hiển đã nâng khống 47 bộ chứng từ thanh toán tiền lương, 13 bộ chứng từ thanh toán chế độ ốm đau, thai sản và 19 bộ chứng từ thanh toán truy lĩnh lương, thu nhập tăng thêm, làm ngoài giờ để chiếm đoạt với tổng số tiền hơn 6,353 tỷ đồng từ nguồn thu dịch vụ của Trung tâm y tế TP Phan Thiết và nguồn ngân sách Nhà nước mà Nguyễn Duy Hiển có trách nhiệm quản lý.
Việc Nguyễn Duy Hiển chiếm đoạt được số tiền rất lớn, diễn ra nhiều lần, trong nhiều năm nhưng không bị phát hiện, ngăn chặn kịp thời là do có sự buông lỏng, thiếu trách nhiệm trong công tác quản lý tài chính của lãnh đạo, kế toán trưởng Bệnh viện TP Phan Thiết (nay là Trung tâm Y tế TP Phan Thiết) đã không thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ được giao, gây ra hậu quả thiệt hại cho ngân sách nhà nước và tài sản của đơn vị.
Trong đó, Trần Thị Thu Thảo với vai trò là kế toán trưởng (từ năm 2013 đến tháng 6-2018) phải chịu trách nhiệm với 45 bộ chứng từ thanh toán tiền lương, bảy bộ chứng từ đau ốm thai sản, 16 bộ chứng từ thanh toán tiền thu nhập tăng thêm, một bộ chứng từ thanh toán tiền làm ngoài giờ và hai bộ chứng từ truy lĩnh tăng lương đã trực tiếp ký để bị can Nguyễn Duy Hiển nâng khống và chiếm đoạt số tiền hơn 5,1 tỷ đồng; Ngô Giang Vũ với vai trò là Phó Giám đốc phải chịu trách nhiệm đối với các bộ chứng từ mà Ngô Giang Vũ trực tiếp ký (từ tháng 7-2015 đến tháng 01-2018) mà Nguyễn Duy Hiển nâng khống và chiếm đoạt số tiền hơn 3,93 tỷ đồng; Nguyễn Trung Hà với vai trò là Giám đốc Trung tâm Y tế TP Phan Thiết phải chịu trách nhiệm đối với các bộ chứng từ đã trực tiếp ký (từ tháng 9-2017 đến tháng 6-2018) gồm: Năm bộ chứng từ thanh toán tiền lương, tám bộ chứng từ ốm đau thai sản, một bộ chứng từ thu nhập tăng thêm và 01 bộ chứng từ truy lĩnh tiền lương để Hiển nâng khống và chiếm đoạt số tiền hơn 1,73 tỷ đồng.
Ngoài ra, Nguyễn Thị Bích Anh với vai trò là Phó Giám đốc Bệnh viện Phan Thiết (nay là Trung tâm Y tế TP Phan Thiết) phải chịu trách nhiệm đối với các bộ chứng từ đã trực tiếp ký (từ tháng 12-2013 đến tháng 3-2015) gồm: 14 bộ chứng từ thanh toán tiền lương, bốn bộ chứng từ thu nhập tăng thêm và một chứng từ thanh toán tiền làm ngoài giờ mà Nguyễn Duy Hiển nâng khống và chiếm đoạt số tiền hơn 964 triệu đồng; Nguyễn Quang Thời với vai trò Giám đốc Bệnh viện TP Phan Thiết phải chịu trách nhiệm đối với các bộ chứng từ trực tiếp ký (từ tháng 11-2013 đến tháng 9-2017) gồm: Ba bộ chứng từ thanh toán tiền lương, một bộ chứng từ ốm đau thai sản, bảy bộ chứng từ thu nhập tăng thêm mà Nguyễn Duy Hiển nâng khống và chiếm đoạt số tiền hơn 527 triệu đồng.
Trên cơ sở cáo trạng của Viện kiểm sát và lời luận tội của Kiểm sát viên; căn cứ vào kết quả tranh tụng tại phiên tòa và các quy định của Bộ Luật hình sự năm 2015, Hội đồng xét xử khẳng định hành vi của Nguyễn Duy Hiển, Trần Thị Thu Thảo, Ngô Giang Vũ, Nguyễn Trung Hà, Nguyễn Thị Bích Anh, Nguyễn Quang Thời đã xâm phạm đến hoạt động đúng đắn của Bệnh Viện TP Phan Thiết (Trung tâm Y tế TP Phan Thiết), gây thiệt hại rất lớn đến tài sản Nhà nước, ảnh hưởng xấu đến uy tín của đơn vị. Do đó cần phải xử lý nghiêm, phạt các bị cáo các mức án tương xứng tính chất mức độ hành vi phạm tội của từng bị cáo để nhằm răn đe, giáo dục, cải tạo các bị cáo và phòng ngừa tội phạm chung.
Sau khi xem xét tính chất, mức độ, hành vi, thái độ thành khẩn, vai trò và mức độ phạm tội của từng bị cáo, các tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự, Chủ tọa phiên tòa tuyên bị cáo Nguyễn Duy Hiển, phạm tội “Tham ô tài sản” theo điểm a, khoản 4, Điều 353 Bộ Luật Hình sự 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017), xử phạt 20 năm tù giam. Năm bị cáo bị tuyên phạm tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” theo điểm c khoản 2, khoản 3 Điều 360 Bộ Luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017), trong đó xử phạt bị cáo Trần Thị Thu Thảo 3 năm 6 tháng tù; hai bị cáo Nguyễn Trung Hà, nguyên Giám đốc; Ngô Giang Vũ, nguyên Phó Giám đốc bị xử phạt 3 năm tù cho hưởng án treo; bị cáo Nguyễn Quang Thời, nguyên Giám đốc bị xử phạt 15 tháng tù cho hưởng án treo và bị cáo Nguyễn Thị Bích Anh, nguyên Phó Giám đốc bị xử phạt 12 tháng tù cho hưởng án treo.
Về trách nhiệm dân sự, số tiền khắc phục hậu quả mà các bị cáo nguyên là lãnh đạo, kế toán trưởng Bệnh viện TP Phan Thiết đã nộp trong quá trình điều tra là 5,07 tỷ đồng sẽ được trả lại cho Trung tâm Y tế TP Phan Thiết 2,97 tỷ đồng, số còn lại sẽ hoàn trả cho các bị cáo. Buộc Nguyễn Duy Hiển phải trả lại cho Trung tâm Y tế TP Phan Thiết số tiền hơn 3,38 tỷ đồng.