Về cơ cấu tổ chức, Bộ Nội vụ có 22 đơn vị.18 tổ chức hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước gồm:
1. Vụ Tổ chức - Biên chế
2. Vụ Chính quyền địa phương
3. Vụ Công chức - Viên chức
4. Vụ Tổ chức phi chính phủ
5. Vụ Cải cách hành chính
6. Vụ Công tác thanh niên và Bình đẳng giới
7. Vụ Hợp tác quốc tế
8. Vụ Tổ chức cán bộ
9. Vụ Pháp chế
10. Vụ Kế hoạch - Tài chính
11. Thanh tra Bộ
12. Văn phòng Bộ
13. Cục Văn thư và Lưu trữ nhà nước