Riêng ông Phùng Xuân Quýnh, nguyên Giám đốc Sở Y tế tỉnh Gia Lai bị đề nghị truy tố về tội "thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" liên quan đến việc để xảy ra tiêu cực trong quá trình đấu thầu giá thuốc các năm 2008-2010, gây thiệt hại nhiều tỷ đồng cho ngân sách Nhà nước.
Quá trình điều tra, Cơ quan thanh tra đã phát hiện 65 danh mục thuốc không bảo đảm đúng chất lượng theo hồ sơ mời thầu; có tám danh mục thuốc báo cáo sai xuất xứ nước sản xuất. Tổ xét thầu đã công nhận thuốc sản xuất tại Việt Nam là thuốc được sản xuất ở châu Á, thuốc sản xuất ở châu Á lại công nhận sản xuất ở châu Âu để định giá trúng thầu nhằm làm lợi cho doanh nghiệp trúng thầu, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước nhiều tỷ đồng, việc xét giá trúng thầu lại không chọn đơn vị bỏ giá thấp nhất mà chọn giá thuốc trúng thầu cao, gây thiệt hại số tiền hàng tỷ đồng cho người bệnh, quỹ bảo hiểm y tế và làm lợi cho doanh nghiệp số tiền nhiều tỷ đồng. Theo điều tra, kết quả giám định thiệt hại về tài chính do nhóm đối tượng này gây ra trong ba năm (từ 2008 đến 2010) lên đến gần chín tỷ đồng.