Thống kê từ Bộ Y tế cho thấy, hiện nay 100% bệnh viện tuyến trung ương có ứng dụng phần mềm tin học bệnh viện; ở tuyến tỉnh là 68% và tuyến huyện là 61%. Bộ trưởng Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến cho rằng, việc ứng dụng CNTT của các cơ sở khám, chữa bệnh còn yếu, mức độ ứng dụng phần mềm chưa cao và chưa thể kết nối liên thông hệ thống thông tin giữa các bệnh viện. Hầu hết hệ thống CNTT tại các bệnh viện hiện nay chưa hoàn chỉnh và chưa thống nhất ở tất cả các khâu, trong đó có quy trình khám, chữa bệnh và công tác quản lý, điều hành. Chính vì vậy, chưa có sự kết nối về dữ liệu quản lý người bệnh cũng như quy trình khám, chữa bệnh.
Đến nay, việc đầu tư ứng dụng CNTT trong ngành y tế vẫn manh mún, dàn trải và chưa có quy hoạch tổng thể. Các chuẩn thông tin y tế chưa hoàn chỉnh, đồng bộ, do đó nhiều đơn vị đã không thành công khi triển khai ứng dụng CNTT ở cơ sở. Để đưa ứng dụng CNTT vào y tế đạt hiệu quả cao còn phụ thuộc vào chi phí, vốn, nhân lực, cơ sở hạ tầng... GS, TS Phạm Minh Thông, Phó Giám đốc Bệnh viện Bạch Mai cho biết, gần một năm nay, bệnh viện đã kết hợp với Tập đoàn FPT xây dựng hệ thống quản lý bệnh viện (Hospital Information Management System - HIS), tuy nhiên hệ thống này cũng chưa bao gồm quản lý bệnh án điện tử của người bệnh và cũng chưa thể triển khai hết ở khoa khám bệnh. Ngay cả việc phát thẻ cung cấp mã ID cho người bệnh cũng chỉ triển khai ở bộ phận khám bệnh theo yêu cầu. Do đó, các doanh nghiệp CNTT cần dùng chung một bộ mã có thể kết nối chung với các bệnh viện, bảo hiểm..., từ đó giúp người bệnh (khi đã được cấp mã) có thể khám bệnh trên toàn quốc và mã số đó sẽ theo người bệnh suốt đời. Đồng thời, bệnh viện sẽ quản lý được bệnh án của người bệnh (với hệ thống lưu trữ hình ảnh là phim chụp về tình trạng sức khỏe, kèm hồ sơ bệnh án điện tử)... Tuy nhiên, hiện nay, giá dịch vụ y tế chưa tính chi phí dành cho CNTT, cũng như tất cả các khoản chi chưa có khoản chi riêng cho CNTT. Vì vậy muốn ứng dụng CNTT phải lấy tiền đầu tư của bệnh viện. Để giải quyết bài toán này, trong khi nguồn lực của ngành y tế hạn hẹp thì giải pháp đầu tiên được tính tới là triển khai dịch vụ thuê ứng dụng CNTT. Có nghĩa là các doanh nghiệp viễn thông, CNTT có thể thực hiện đầu tư thiết bị, cung cấp giải pháp và cho các bệnh viện thuê lại.
Nhưng hiện nay, các hãng, công ty phần mềm vẫn chưa sẵn sàng cho dịch vụ thuê phần mềm trong y tế...
Nhằm đẩy mạnh ứng dụng CNTT trong ngành y tế, nhiều chuyên gia CNTT cho rằng, cần xây dựng một chuẩn chung về tất cả các lĩnh vực trong y tế. Ở các nước như Nhật Bản hay Hàn Quốc, việc kết nối dữ liệu thông tin người bệnh chưa kết nối toàn quốc mà chỉ mới kết nối theo vùng hay chỉ kết nối trong nội bộ bệnh viện. Vì vậy, với mô hình khám, chữa bệnh hiện nay, cần có các tuyến kết nối ứng dụng CNTT trong quản lý khám, chữa bệnh và thanh toán bảo hiểm y tế gồm tuyến xã, huyện, tỉnh, thành phố, trung ương và nếu có bệnh án điện tử thì toàn bộ thông tin sẽ được chia sẻ giữa các tuyến.
Ông Lý Đức Đoàn, Phó Tổng Giám đốc Công ty Hệ thống thông tin GMC, Tập đoàn FPT cho biết, cần phải kết nối dữ liệu với 100% các cơ sở khám, chữa bệnh đang sử dụng phần mềm quản lý của chín nhà cung cấp khác nhau. Không thể có phần mềm dùng chung cho tất cả các cơ sở khám, chữa bệnh nhưng ít nhất có danh mục mã dùng chung, thống nhất; tiếp đó là tiêu chuẩn về dữ liệu đầu ra của hệ thống thông tin quản lý khám, chữa bệnh. Bên cạnh đó vẫn còn nhiều thách thức trong việc triển khai ứng dụng CNTT trong ngành y tế như: các cán bộ y tế cấp huyện, xã vẫn chưa thật sự thông thạo CNTT...
Hiện nay, việc ứng dụng CNTT đều do các bệnh viện tự làm, doanh nghiệp tham gia vào hoạt động này còn ít và gặp nhiều vướng mắc. Bộ Y tế cần tiếp tục đẩy mạnh ứng dụng CNTT vào hoạt động ngành, nhanh chóng đưa ra hướng dẫn để doanh nghiệp CNTT có thể thực hiện đầu tư thiết bị, cung cấp giải pháp và cho các bệnh viện thuê lại. Có như vậy thì trong tương lai mới tạo được những chuyển biến tốt hơn về hoạt động ứng dụng CNTT trong ngành y tế.