Sau đó, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên đã khởi tố vụ án; khởi tố, bắt tạm giam một số đối tượng trực tiếp khai thác rừng. Trong quá trình điều tra mở rộng, Cơ quan CSĐT phát hiện quy mô phá rừng trên thực tế lớn hơn nhiều so với báo cáo của một số đơn vị chức năng trước đó.
Trong báo cáo của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Phú Yên (số: 232/BC-SNN ngày 11-5-2020) về tình trạng phá rừng, khai thác lâm sản trái pháp luật tại vùng giáp ranh giữa huyện Tây Hòa và Sông Hinh có ghi: tại khoảnh 7, khoảnh 10 tiểu khu 358 có 690m đường sang gạt; có 32 cây gỗ dọc theo đường bị cắt hạ. Tuy nhiên, khi mở rộng điều tra vụ án, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên phát hiện cách đó khoảng 40m là hiện trường một vụ phá rừng khác, với quy mô lớn hơn: đường đất vào rừng rộng 3m, dài khoảng 1 km để đốn hạ cây gỗ lớn.
Ngày 8-9, các phóng viên tiếp tục vượt hơn 6 km đường rừng vào tận hiện trường vụ việc. Tại tiểu khu 358, nhiều cây gỗ rừng tự nhiên bị chặt ngã nằm chỏng chơ, la liệt. Con đường đất rộng 3m được san gạt khá quy mô, mòn nhẵn do các đối tượng vận chuyển gỗ trước đó. Dọc hai bên đường, nhiều gốc cây to đã bị chặt hạ kéo gỗ đi. Nhiều cây lớn nhưng rỗng thân bị bỏ lại. Các gốc cây bị lâm tặc chặt hạ đã được lực lượng chức năng kiểm đếm, đánh dấu bằng sơn đỏ.
Khi phóng viên đặt câu hỏi: Tại sao hai vị trí phá rừng gần nhau trong thời gian dài nhưng khi thống kê, kiểm đếm lại không phát hiện ra? Ông Trịnh Lâm Hải, Chủ tịch UBND xã Sơn Thành Tây, huyện Tây Hòa thừa nhận thiếu sót này là do khi vào rừng kiểm đếm, xác minh anh em chỉ lần theo dấu vết mới, không nghĩ cách đó 40m có một con đường khác, vì cây rừng tại khu vực này khá rậm rạp, khó phát hiện. Sau khi bị bắt giữ, các đối tượng lâm tặc khai nhận thêm thì địa phương đã có phối hợp với lực lượng công an, kiểm lâm kiểm tra thêm, mới phát hiện quy mô phá lớn hơn, cây rừng bị chặt phá nhiều hơn, với số lượng cây rừng hơn 200 cây.
Trao đổi với phóng viên về trách nhiệm của chính quyền địa phương, ông Mai Ne, Phó Chủ tịch thường trực UBND huyện Tây Hòa cho biết: Việc quản lý rừng khó khăn vì diện tích rộng, lại tiếp giáp với huyện Sông Hinh nên công tác quản lý không được chặt chẽ. Sau khi Cơ quan CSĐT và báo chí phản ánh phát hiện thêm một khu vực phá rừng gần tiểu khu 358 thì mới biết. Đối với lực lượng kiểm lâm cũng thường xuyên kiểm tra nhưng không phát hiện được. Còn lực lượng của xã thì quá mỏng.
Trước đó, ngày 6-5, Nhân Dân điện tử đã phản ánh, tại vùng giáp ranh giữa huyện Tây Hòa và huyện Sông Hinh có vụ phá rừng tương đối lớn. Theo chỉ đạo của tỉnh Phú Yên, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên đã khởi tố vụ án. Quá trình điều tra, xác minh, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên đã khởi tố và bắt tạm giam đối tượng Nguyễn Hoài Linh, biệt danh Linh Lực Quắn (sinh năm 1979), trú ở thôn Lạc Điền, xã Sơn Thành Đông và Trần Văn Tấn, biệt danh là Kẹo (sinh năm 1980), trú ở thôn Bình Thắng, xã Sơn Thành Đông, huyện Tây Hòa về tội “Vi phạm các quy định về khai thác, bảo vệ rừng và quản lý lâm sản” được quy định tại điều 232 - Bộ luật Hình sự năm 2015. Cùng hành vi nêu trên còn có một đối tượng khác bị tạm giữ khẩn cấp là Trương Thái Vương (sinh năm 1988), trú ở thôn Nam Bình 2, phường Hòa Xuân Tây, thị xã Đông Hòa.
Hiện Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên vẫn đang tiếp tục mở rộng điều tra vụ án.