Vấn đề được các hãng hàng không đề cập nhiều tại hội nghị là tất cả các sân bay địa phương (ngoại trừ bảy sân bay quốc tế trong nước) hệ thống hoạt động bay/bảo đảm bay còn hạn chế, chỉ có đài VOR, vì vậy chưa đáp ứng được nhu cầu của hành khách và thực tế khai thác của các hãng hàng không, dẫn đến việc sân bay thường bị quá tải.
Theo Phó Tổng Giám đốc Vietnam Airlines, kiêm Chủ tịch Jetstar Pacific Dương Trí Thành, việc thiếu hụt trang thiết bị hạ tầng giao thông đang cản trở sự phát triển của các hãng hàng không nói chung và Vietnam Airlines nói riêng. Sân bay Tân Sơn Nhất và Cam Ranh đang bị vượt quá giới hạn khai thác về nhà ga hành khách và tình trạng điều phối slot (sắp xếp lịch bay) luôn ở mức giới hạn tối đa, ảnh hưởng đến khả năng khai thác của Vietnam Airlines.
Vietnam Airlines cũng kiến nghị Cục HKVN xem xét và giữ nguyên hiện trạng phân bổ chỗ đỗ máy bay cho các hãng, không lấy chỗ đậu máy bay hiện hữu của hãng hàng không này chuyển giao cho hãng hàng không khác, nhằm bảo đảm sự công bằng về lợi ích và cạnh tranh lành mạnh.
Phó Tổng Giám đốc Hãng Hàng không thế hệ mới Vietjet Lương Thế Phúc kiến nghị, vẫn còn nhiều rào cản và vướng mắc trong cơ chế độc quyền tự nhiên, cho nên cần có sự phối hợp đồng bộ giữa các cơ quan như: Cảng vụ, Sân bay, Hải quan, An ninh, các hãng hàng không... để mang lại hiệu quả khai thác tối đa. Hiện nay, Hệ thống cơ sở hạ tầng phục vụ hoạt động khai thác của Vietjet đều phải thuê sử dụng và phụ thuộc vào phương tiện của các đơn vị khác, Bộ Giao thông vận tải và Cục HKVN cần tạo điều kiện cho các hãng hàng không được tham gia đầu tư trong việc xây dựng Quy hoạch phát triển hạ tầng sân bay, nhà ga, đồng thời tham gia phối hợp trong các chương trình nâng cao năng lực quản lý bay.
Chia sẻ với ý kiến của các hãng hàng không, Phó Ban Khai thác cảng của Tổng Công ty Cảng Hàng không Việt Nam (ACV) Vũ Phạm Nguyên An cho biết, thời gian qua, ACV đã đầu tư hàng chục nghìn tỷ đồng phát triển hạ tầng sân bay. Tuy nhiên, vẫn chưa thể đáp ứng toàn bộ nhu cầu phát triển mạnh mẽ của ngành hàng không nội địa. ACV quản lý và vận hành 21 cảng hàng không (CHK) Việt Nam. Ngoài ba CHK quốc tế là Nội Bài, Tân Sơn Nhất và Đà Nẵng có lãi, còn lại hầu hết các CHK đang chịu lỗ. ACV vẫn phải bảo đảm toàn bộ chi phí vận hành của các CHK này theo đúng tiêu chuẩn an ninh, an toàn bay. Điều này tạo ra những khó khăn về vốn cho ACV trong quá trình hoạt động.
Việc một số hãng hàng không đề nghị tăng thời gian vận hành của các sân bay đến 21 giờ hàng ngày là không cần thiết. Do một số sân bay tần suất sử dụng thấp, vận hành không quá năm chuyến/ngày, nếu mở cửa sân bay với thời gian dài, với mục đích làm sân bay dự bị cho các hãng hàng không sẽ làm tăng chi phí vận hành của sân bay, gây lãng phí.
Liên quan tới việc quá tải tại sân bay Tân Sơn Nhất, sân bay quốc tế này đang phải hoạt động gấp hai lần công suất hiện có. Thay vì tập trung toàn bộ hoạt động khai thác trên các sân bay chính, thì các hãng hàng không nên phân bố hợp lý các điểm đỗ, sử dụng các sân bay phụ thay thế sân bay Tân Sơn Nhất, nhằm giảm tải cho sân bay này đồng thời tăng hiệu quả hoạt động của các sân bay lẻ.
Sau khi nghe ý kiến của các hãng hàng không, Cục trưởng HKVN Lại Xuân Thanh khẳng định: Thị trường vận tải hàng không phát triển với tốc độ cao, năm 2015 tăng hơn 20%, bốn tháng đầu năm 2016, tăng gần 25%, HKVN đứng TOP 5 hàng không Asean. Việc phát triển quá nóng của lĩnh vực này đã tạo ra áp lực và những khó khăn nhất định đối với các hãng hàng không nội địa và các doanh nghiệp liên quan. Khó khăn vướng mắc của ngành hàng không Việt Nam tập trung chủ yếu vào vấn đề kết cấu hạ tầng của các CHK do quy hoạch còn chủ quan trong khi tốc độ phát triển của các hãng hàng không về đội bay, sản lượng vận chuyển ngày càng tăng. Thí dụ như, sân bay Thọ Xuân (Thanh Hoá) sau hai năm đầu tư đã lỗi thời. Khó khăn lớn về nguồn lực đầu tư vào kết cấu hạ tầng cho các sân bay địa phương nhưng hiệu quả tài chính chưa thu hồi vốn. 48 nghìn tỷ đồng, trong đó, 76% nguồn vốn của ACV đầu tư cho hạ tầng sân bay là rất lớn nhưng vẫn chưa đáp ứng nhu cầu thị trường, nhu cầu của các hãng hàng không.
Cục trưởng Lại Xuân Thanh phân tích, năm 2015, công suất thông quan các CHK Việt Nam đạt mức 75 triệu hành khách/năm. Trong khi tốc độ tăng trưởng hơn 20%. Đặc biệt, sự quá tải của CHK quốc tế Tân Sơn Nhất có lượng thông quan chiếm tới 50% công suất của toàn ngành. Điều này cho thấy, các hãng hàng không phát triển đội bay nhanh trong khi hạ tầng chưa kịp đáp ứng. Với tốc độ tăng trưởng nhanh, nóng như hiện nay, tạo sức ép lên kết cấu hạ tầng hàng không Việt Nam là rất lớn. Cục HKVN đã trình lên Bộ Giao thông vận tải, xây dựng nhiều giải pháp nâng cấp cơ sở hạ tầng hàng không, bảo đảm an toàn bay và tạo mọi điều kiện thuận lợi nhất cho các hãng hàng không hoạt động.