Theo kết luận thanh tra, Ban Quản lý Khu Công nghệ cao lập hồ sơ điều chỉnh cục bộ quy hoạch chi tiết giai đoạn I và giai đoạn II Khu Công nghệ cao có một số nội dung chưa phù hợp quy hoạch chung được cấp thẩm quyền phê duyệt.
Cụ thể, không thể hiện được quy mô điều chỉnh cây xanh, mặt nước trong hồ sơ điều chỉnh cục bộ; chưa tạo ra một không gian kiến trúc cảnh quan phù hợp, đồng bộ với tính chất, chức năng Khu Công nghệ cao.
Việc điều chỉnh cục bộ nhiều lần để thu hút đầu tư trong thời gian ngắn làm ảnh hưởng đến việc kiểm soát sự đồng bộ của Ban Quản lý về tổng thể quy hoạch chung và quy hoạch phân khu tại Khu Công nghệ cao.
Ngoài ra, trong quản lý trật tự xây dựng theo quy hoạch và sau cấp phép xây dựng đối với một số chủ đầu tư dự án, công trình còn chưa chặt chẽ, kịp thời, để xảy ra tình trạng xây dựng sai phép chậm khắc phục.
Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Thành phố Hồ Chí Minh lập, thẩm định, phê duyệt dự toán của dự án đường D10b chưa đầy đủ, chính xác, làm tăng giá trị dự toán 51.466.000 đồng; nghiệm thu, thanh quyết toán công trình của các dự án xây dựng đường: D10b, D5, D19 và D17 không phù hợp thực tế, chênh lệch giá trị khối lượng xây lắp đã thanh toán phải thu hồi 161.450.526 đồng.
Kết luận thanh tra cũng cho biết, đơn vị này cho thuê đất không phù hợp với quy hoạch xây dựng đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt 7 dự án còn hiệu lực đến thời điểm thanh tra.
Ký hợp đồng cho thuê đất thu tiền một lần cho cả thời gian thuê không đúng đối tượng, không đúng hình thức pháp luật quy định; thu tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê bất hợp lý, không lập phương án giá đất sát giá thị trường để thẩm định, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định...
Từ kết luận thanh tra, Chánh Thanh tra Thành phố Hồ Chí Minh kiến nghị và đã được Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh cơ bản thống nhất và chỉ đạo xử lý tại Văn bản số 8031/VP-NCPC ngày 31/7/2023 của Văn phòng Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh như sau: Giao Trưởng Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Thành phố Hồ Chí Minh tổ chức kiểm điểm trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân có thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm.
Phối hợp với Thanh tra Sở Xây dựng rà soát, chấn chỉnh, khắc phục ngay, xử lý nghiêm, dứt điểm các công trình vi phạm trật tự xây dựng trong Khu Công nghệ cao.
Giao Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tiếp nhận hồ sơ, chủ trì phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tài chính kiểm tra, làm rõ đối với 28 dự án đầu tư có sử dụng đất nhưng không thuộc diện ưu đãi đầu tư đã được Ban Quản lý cho thuê đất không qua hình thức đấu giá quyền sử dụng đất với tổng diện tích hơn 1.433.186m2.
Trường hợp xác định có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự, gây thiệt hại cho nhà nước thì chuyển Thanh tra Thành phố Hồ Chí Minh lập thủ tục chuyển cơ quan điều tra thụ lý giải quyết theo quy định pháp luật.