Sau khi được thu gom, nước thải sinh hoạt sẽ được tiến hành xử lý bằng vi sinh trước khi đưa ra "nhập vào" hồ Trúc Bạch. Chất lượng đầu ra phải đạt chuẩn theo quy định và... trong vắt khi nhìn bằng mắt thường. Đây cũng là một quy trình xử lý nước thải sinh hoạt đô thị tiêu chuẩn trước khi đưa ra hồ điều hòa đang được thực hiện tại Hà Nội hiện nay.