Sự phối hợp giữa các cơ quan để tránh chồng chéo trong xây dựng kế hoạch kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước với các kế hoạch thanh tra, kiểm tra của các địa phương vẫn là một trong những nội dung còn vướng mắc giữa các bên.