Thủ Đức đang gặp nhiều vấn đề trong thực tế vận hành hoạt động, trong đó, có thể tập hợp thành 3 nhóm vấn đề lớn: thể chế, cơ chế đặc thù; cơ sở hạ tầng đô thị; nhân lực.