Bên cạnh những tổ chức kinh tế tập thể hoạt động hiệu quả, vẫn còn nhiều tổ chức, đơn vị hoạt động lay lắt, cầm chừng theo cách làm cũ. Mặt khác, hoạt động các hợp tác xã còn không ít “điểm nghẽn” khiến cho các tổ chức này chưa tiếp cận được với các cơ chế, chính sách của Nhà nước.