Trước tình trạng nhiều loại khoáng sản trong danh mục thu phí bảo vệ môi trường thì không phát sinh khai thác, có khoáng sản có trữ lượng, có khả năng khai thác lại không nằm trong danh mục này, tỉnh Bắc Kạn đã quyết định điều chỉnh, bổ sung nhằm tránh thất thu phí.

Mới đây, trong góp ý vào Dự thảo Nghị định quy định về phí bảo vệ môi trường đối với khí thải, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) cho rằng, đang có sự chồng chéo giữa phí bảo vệ môi trường và thuế bảo vệ môi trường.